Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,163,990 | C→G | 6.7% | intergenic (+322/+546) | PP_5739 → / ← PP_5402 | hypothetical protein/NAD‑dependent acetyl‑CoA synthetase deacetylase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 6,163,990 | 0 | C | G | 6.7% | 1045.5 / 48.1 | 312 | intergenic (+322/+546) | PP_5739/PP_5402 | hypothetical protein/NAD‑dependent acetyl‑CoA synthetase deacetylase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (133/158); new base G (9/12); total (142/170) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.25e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.75e-01 |
Only 100 of 327 total aligned reads displayed.
CAAGCCGCAAGTGATCCATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCTCTCAAGGCGGCTTTTTTTTGCCTCGGATTCGTATCGGTACCGTCGTGCTGCCAGTGTCGCCGAACTTGATCACTGTGAGGACCAGATTATCATGCGTACACTCAACCACCTGTGACTGTTCGGCCTGTTGGCAACCACGCCAGTCGTCCGGC > NC_002947/6163841‑6164139 | cAAGCCGCAAGTGATCCATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCtctc > 2:890477/1‑150 (MQ=255) cAAGCCGCAAGTGATCCATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCtctc > 1:3214864/1‑150 (MQ=255) aaGCCGCAAGTGATCCATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCTCTCa > 2:2076126/1‑150 (MQ=255) 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tCCATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCTTGAGAGGGCGGCttttta < 2:4161733/150‑2 (MQ=255) tCCATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGGTGCGTCATTAATTATGAGTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCTCTCAAGGCGGCtttttt > 2:3290659/1‑150 (MQ=255) ccATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCTCTCAAGGCGGCttttttt < 2:3581803/150‑1 (MQ=255) ccATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCTCTCAAGGCGGCttttttt < 1:5287629/150‑1 (MQ=255) cATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCTCTCAAGGCGGCtttttttt < 1:3073079/150‑1 (MQ=255) 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CAAGCCGCAAGTGATCCATTTCGCTTTAGCGGCTAAATTTTTCGTTTGGTTGCGTCATTAATTATGATTTAGCTATAGTCCTCAACGTTCGACTGTTTCAGTACGTCGCCGACGAACCTCTCAATTCGTTGGCTAAAAAGCCGCCCTCTCAAGGCGGCTTTTTTTTGCCTCGGATTCGTATCGGTACCGTCGTGCTGCCAGTGTCGCCGAACTTGATCACTGTGAGGACCAGATTATCATGCGTACACTCAACCACCTGTGACTGTTCGGCCTGTTGGCAACCACGCCAGTCGTCCGGC > NC_002947/6163841‑6164139 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |