| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 609,782 | A→C | 6.1% | L356R (CTG→CGG) ‡ | PP_0525 ← | B12 family TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 609,782 | 0 | A | C | 6.1% | 889.0 / 32.8 | 262 | L356R (CTG→CGG) ‡ | PP_0525 | B12 family TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (117/129); new base C (5/11); total (122/140) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTCG > NC_002947/609633‑609931 | gATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAAcagca > 1:3785449/1‑150 (MQ=255) aTTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAAcagcag > 1:283468/1‑150 (MQ=255) aTTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAAcagcag < 2:2796332/150‑1 (MQ=255) 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cagGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTc < 2:3020468/150‑1 (MQ=255) agGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTCg > 1:3952560/1‑150 (MQ=255) | GATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTCG > NC_002947/609633‑609931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |