| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 609,783 | G→T | 6.1% | L356M (CTG→ATG) ‡ | PP_0525 ← | B12 family TonB‑dependent receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 609,783 | 0 | G | T | 6.1% | 869.6 / 30.8 | 260 | L356M (CTG→ATG) ‡ | PP_0525 | B12 family TonB‑dependent receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (116/128); new base T (5/11); total (121/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.82e-01 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
ATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTCGG > NC_002947/609634‑609932 | aTTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAAcagcag < 2:2796332/150‑1 (MQ=255) ttCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAgg > 2:578358/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCt > 1:3020468/1‑150 (MQ=255) 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tACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGc > 1:4990471/1‑150 (MQ=255) acacAACAGCCTGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCaa < 2:4670224/137‑1 (MQ=255) cccAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTc < 2:4173268/150‑1 (MQ=255) cccAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTc < 2:5856011/150‑1 (MQ=255) cccAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTc < 2:6305922/150‑1 (MQ=255) 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cagGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTc < 2:3020468/150‑1 (MQ=255) | ATTCTTGTCGTGGCGCAGGCCAAGCTCGGTGTAAAAGTATTCGTCATGAAAGCGATGCTGGACGAACAGCGCATGATTCCAGCGGCTGTCTTCCGTGAAGTCCTCACTCGCATGGACACGGTCTTCGTACCAGTCGCTACCCAACAGCAGGCTGTTGTGTTCACCCAGGGCTAGGTTGTTCTGCCAAGTTGCTTGGTCGCGGTAGGTATTGAAAGGTGCGCTTGAGTGGCTGAGCTTGTCTCGGCTTTCATCGCGGTTTTCGCTGTGGGCCAGCTCAAACCGAGTGCTCCACTGCTCGG > NC_002947/609634‑609932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |