| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 640,686 | A→T | 5.1% | L21* (TTG→TAG) ‡ | PP_0551 ← | MORN domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 640,686 | 0 | A | T | 5.1% | 1080.3 / 29.2 | 313 | L21* (TTG→TAG) ‡ | PP_0551 | MORN domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (142/155); new base T (6/10); total (148/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 322 total aligned reads displayed.
GGAGCAGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTCGAAGCCC > NC_002947/640537‑640835 | ggAGCAGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGACTGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCa < 1:5159860/150‑1 (MQ=255) aGCAGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCaaa < 1:6655929/150‑1 (MQ=255) gCAGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCaatg > 1:5813495/1‑148 (MQ=255) 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ggacacCGGCTTTGCCGGTGTTCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTc > 2:6457857/3‑150 (MQ=255) cacCGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTc < 1:800249/150‑1 (MQ=255) cacCGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTc < 2:848382/150‑1 (MQ=255) acCGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTCg > 1:2424929/1‑150 (MQ=255) cGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTCGaa > 2:5548907/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |