| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 640,687 | A→T | 5.1% | L21M (TTG→ATG) ‡ | PP_0551 ← | MORN domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 640,687 | 0 | A | T | 5.1% | 1069.0 / 28.8 | 313 | L21M (TTG→ATG) ‡ | PP_0551 | MORN domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (142/155); new base T (6/10); total (148/165) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.66e-01 | |||||||||||
Only 100 of 321 total aligned reads displayed.
GAGCAGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTCGAAGCCC > NC_002947/640538‑640835 | gCAGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCaatg > 1:5813495/1‑148 (MQ=255) aGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTATGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCAAAGcc < 2:5429512/150‑1 (MQ=255) gTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCAAAGCCg < 1:1094472/150‑1 (MQ=255) 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cGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTCGaa < 1:5141511/150‑1 (MQ=255) aaaGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTCGAAGccc > 1:5504834/1‑150 (MQ=255) | GAGCAGTGGACGCATGGCGAGGACCGGGCAATAGGTCTGCCGAGTATGACGCAGAATGGGATCCTGAGACAGCGAGCCCCTGTGCCAGCGCACAGCCTTGGAACCTTGCCAGTACCCTGTAGGAGCGGCTTCAGCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGTCCTCCACCATGTTGCATTGTTCGCAGGCCCACCCGCTCCCACAGGTGCCACGTTGCCTTCAAGGTGCAATCAGCGCACACCTGGTGAAACGATGATCTTCACGTTCTCCTCTTTGTTGTTCACCAGTTCCTCGAAGCCC > NC_002947/640538‑640835 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |