| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 646,606 | A→G | 5.1% | S76G (AGC→GGC) | acoR → | acetoin catabolism regulatory protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 646,606 | 0 | A | G | 5.1% | 1082.9 / 27.2 | 334 | S76G (AGC→GGC) | acoR | acetoin catabolism regulatory protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (175/142); new base G (10/7); total (185/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 338 total aligned reads displayed.
CGCCGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGACCTGC > NC_002947/646457‑646755 | cgcCGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCACATCGCCa < 1:5626709/150‑1 (MQ=255) gcCGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAg > 2:4585718/1‑150 (MQ=255) ccGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGc < 1:6754586/150‑1 (MQ=255) 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tGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGc > 1:4674604/1‑150 (MQ=255) ttCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTg > 1:5117501/1‑150 (MQ=255) tCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGgcgc < 1:166896/92‑1 (MQ=255) tCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGt < 1:1425823/150‑1 (MQ=255) cacggcATCGCTGGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTAt > 1:1916670/5‑150 (MQ=255) cTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTAt > 1:2713302/1‑150 (MQ=255) cTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTAt > 2:6323735/1‑150 (MQ=255) tGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATc > 1:3164320/1‑150 (MQ=255) acggcATCGCTGGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCt > 1:3839255/4‑145 (MQ=255) cgcATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTg < 2:1338986/150‑1 (MQ=255) cgcATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTg > 2:1501683/1‑150 (MQ=255) gcATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTgg < 2:6644763/150‑1 (MQ=255) cATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTggg > 2:235143/1‑150 (MQ=255) cATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTggg < 1:1625671/150‑1 (MQ=255) aTCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTgggg > 1:4837942/1‑150 (MQ=255) tCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGa > 1:5305203/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGAc < 2:3354401/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCCTCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACGGTCGCACGGCCGGGCTGTATCTGGGGAcc > 2:6600917/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGAcc > 2:560666/1‑150 (MQ=255) cAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGACctg < 1:2378388/150‑1 (MQ=255) aGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGACctgc < 2:3715402/150‑1 (MQ=255) | CGCCGGTACCACCGCTGATCCTCGATTCATGGCGCCGCTCCATGGATGTGTACCGCCTCGACCCCGGTTCCCAGCAGGGGCCGCGTATCCTTTCCCAAAGCCTGCTCAACGAATGCCGCGAACGCGCCGAGCTGTTCCTGCGCATCGCCAGCGATGCCGTGGCGCGCTTGCATGAGCGGGTGCGCGGCGCTGACTACTGCGTGCTGCTTACCGATGCCCAGGGGCGCACCATCGATTACCGGGTCGAGTCGGCCATCCGCAACGACTGTCGCAAGGCCGGGCTGTATCTGGGGACCTGC > NC_002947/646457‑646755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |