| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 648,294 | G→T | 5.9% | intergenic (+60/+31) | acoR → / ← accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 648,294 | 0 | G | T | 5.9% | 814.8 / 26.8 | 248 | intergenic (+60/+31) | acoR/accC | acetoin catabolism regulatory protein/acetyl‑CoA carboxylase biotin carboxylase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (107/124); new base T (7/8); total (116/132) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 249 total aligned reads displayed.
GCGGCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTGGTACATCACACTACACGATCACTCCTGGTTGGCCAGTTTGTGCTCGAGGTAGTGAATGTTGACGCCGCCTTTGCAGAAGCCTTCATCACGCACCAGGTCGCGGTGCAGCGGGATGTTGGTCTTGATGCCGTCGACGA > NC_002947/648148‑648443 | ggCACGGGCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCgg < 1:188907/150‑1 (MQ=255) cACGGGCTTGGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCgggg < 1:4695874/150‑1 (MQ=255) gggCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTTTCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACCGGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGttt < 1:3633281/150‑2 (MQ=255) gggCTTGGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGttt < 1:4242567/150‑2 (MQ=255) ggCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGtttt < 1:1364600/150‑3 (MQ=255) gCTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTg < 1:2747455/150‑1 (MQ=255) ctgtGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCACAGGGCCGGGGTTCTgg < 1:3336636/147‑1 (MQ=255) cTTTGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGCCGCGGCCCCCG‑ATTGTTGCC‑GGCCCGAAAAAAACCCCGCCCAGGGGCgggggggtgg > 2:5747198/1‑144 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGGCGCCACCCGGCCCCCC‑AAACAGGCA‑GGCCAAAAAAAAAACCCCCACACGGCCcggggggtggt > 1:3162413/1‑143 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCCG‑ATTCAGGCC‑GGCAATAAAAAACACCCGCACACGGCCGCGGTTCGGGt > 2:4455815/1‑150 (MQ=255) tttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑AATATGGCA‑GGCAAAAAAAAAAACCCCCACACGGCCgggggtgttgt > 1:4473978/1‑143 (MQ=255) ttGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGCGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGAAGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAAAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGttttttat < 2:4357539/150‑7 (MQ=255) tGGGCATTTCGCGGGCGACGCTTTATCGGCGAGTGCATGAGCACCGCATCGACATGCCGCGGATGACGGGGTAGAGCCCTGGGGCCGCGACGCGGCCCCAG‑ATTCTGGCA‑GGCAATAAAGAACCCCGGCCCTGTGCCGGGGttttttatt < 1:3493578/150‑8 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |