| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 95,665 | A→C | 6.5% | intergenic (+57/+15) | PP_0087 → / ← PP_0088 | hypothetical protein/alkanal monooxygenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 95,665 | 0 | A | C | 6.5% | 584.0 / 11.1 | 176 | intergenic (+57/+15) | PP_0087/PP_0088 | hypothetical protein/alkanal monooxygenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (146/15); new base C (5/9); total (151/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
AAGCTGGAGATCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTGGCCTTTACCT > NC_002947/95516‑95813 | caGCTGGAGATCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGa < 2:3936061/149‑1 (MQ=255) aGCTGGAGATCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAg < 1:3461685/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGATCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGc < 1:6048223/150‑1 (MQ=255) tGGAGATCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGccc < 2:4752027/150‑1 (MQ=255) tGGAGATCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGccc < 1:6568791/150‑1 (MQ=255) gagaTCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCcgc > 1:5934645/1‑150 (MQ=255) gagaTCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGCTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCcgc < 1:2789443/150‑1 (MQ=255) agaTCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCcgcg > 2:6348095/1‑150 (MQ=255) cGTCATGAAAGGCGAGCGGGCGGGCATGGTGTTGGGTTGCTGCGAGGCCGTTACCAAGGTGTTTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTTTTTGCTCTTTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGGCAACCTTTGGGAGGGGGCGAGCCCGcgacga < 2:5657699/150‑1 (MQ=255) cGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCcgctccca < 2:3864088/150‑6 (MQ=255) aaGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGt > 2:4401359/1‑150 (MQ=255) aaGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGt > 1:5871855/1‑150 (MQ=255) aaGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGt > 2:2611093/1‑150 (MQ=255) aaGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGt > 2:4795796/1‑150 (MQ=255) gAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGTTCa > 2:5979711/1‑150 (MQ=255) gAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCa > 2:3707538/1‑150 (MQ=255) gAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCa > 2:1464276/1‑150 (MQ=255) aaaGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCAc > 1:5121870/1‑150 (MQ=255) 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aaGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCagcagc > 1:6345771/1‑150 (MQ=255) aaGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCagcagc > 1:5020187/1‑150 (MQ=255) gTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCAc > 2:3394212/1‑150 (MQ=255) gTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCAc > 1:5092383/1‑150 (MQ=255) tCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACt > 1:5631380/1‑150 (MQ=255) 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cctcgtcgCGGGCTCGCCCGCGACGAGGGTCACACGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTAcc > 1:4936492/8‑150 (MQ=255) gggcgggggCGCGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTg < 2:5986001/144‑1 (MQ=255) gggAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTg > 1:3890245/1‑150 (MQ=255) gggAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTg > 1:5222537/1‑150 (MQ=255) gggAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTg > 1:2592635/1‑150 (MQ=255) ggAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTgg > 2:1690847/1‑150 (MQ=255) tcgCGGGCTCGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTGCTACCTTGGc > 2:247127/3‑150 (MQ=255) gggggggCGCCCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTGGc < 1:4226540/146‑1 (MQ=255) gcgggggCGCCCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTGGc < 1:410384/146‑1 (MQ=255) gAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTGGc > 1:657875/1‑150 (MQ=255) ggCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTGGCCTTTa > 2:2010372/1‑150 (MQ=255) gAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTGGCCTTTACCt > 1:2803902/1‑150 (MQ=255) | AAGCTGGAGATCGTCAAGAAAGGCGAGCCGGCGGGCAAGGTGATTGGTAGCTGCGAGGCCGGTACCAAGGAGATTGTTTACCGCCGCGGCTAATGTGTTTGCTCATTCGCGGGCTTGCTCGCTCCCAAGTCAACCTATGGGAGCGGGCGAGCCCGCGACGAGGGTCACTCGGTCTTGAGGGCCTGCGCCATCAGCTCATATGACCGAATGCGGTCCGCATGCTCATACAGGTCACAGGTAAAGATCAGCTCATCCGCACCCGTCTGTTCCAGCAGCACTTCTACCTTGGCCTTTACCT > NC_002947/95516‑95813 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |