| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,030,259 | A→T | 6.5% | intergenic (‑161/+68) | opdP ← / ← dppA‑II | glycine‑glutamate dipeptide porin/dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,030,259 | 0 | A | T | 6.5% | 789.1 / 6.4 | 278 | intergenic (‑161/+68) | opdP/dppA‑II | glycine‑glutamate dipeptide porin/dipeptide ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (112/124); new base T (5/19); total (132/146) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.65e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 283 total aligned reads displayed.
CCTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCGGCTG > NC_002947/1030110‑1030407 | ccTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCa > 2:169509/1‑150 (MQ=255) ctttctttTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCCCACCCTCACGTAGGGCGCAg > 1:6668810/1‑150 (MQ=255) ttttctAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCGCAGGTAGGGCGCAGTGTcc > 1:2544777/1‑150 (MQ=255) 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CCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGaaaa < 1:2196454‑M1/114‑1 (MQ=255) CCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGa < 1:510018‑M1/150‑1 (MQ=255) GCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAAc < 1:5040949‑M1/150‑1 (MQ=255) CTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGACTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAAcc < 1:4705090‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCt < 2:2147167‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTAGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACAGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCt < 1:4890020‑M1/150‑1 (MQ=255) CCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTg < 2:1790038‑M1/150‑1 (MQ=255) CCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTg < 2:5959530‑M1/150‑1 (MQ=255) CCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTg < 1:1569547‑M1/150‑1 (MQ=255) CTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTGGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGa > 2:2688240‑M1/1‑150 (MQ=255) 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ggCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCg > 1:6441232/1‑150 (MQ=255) gcgcAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCgg > 1:2126948/1‑150 (MQ=255) | CCTTTCTTTTCTAGTTATGGCCGGCCTTGTGGGCCGGGTGATTGCTGCGGTGTTGCCAGGGGTGCCGCGGGATCGCCGGGCAGAATCGGGGCGTTGTGTTGGCCGTTCTGGCCTCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCTCAGGTAGGGCGCAGTGTCCGAACCTGTCGAGATCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAAGAGGCCGGTACTGGCTAACGCTTAATCAACACTCACACCGGAAAAATCATTGCGCCCAAACGGGCTGACCTTGAACTGGGAAACCTTGACGCTAAGCGGCTG > NC_002947/1030110‑1030407 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |