| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,091,456 | T→C | 5.3% | intergenic (+33/+25) | tldD → / ← PP_0941 | microcin B17 maturation protease/ribosome associated protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,091,456 | 0 | T | C | 5.3% | 854.6 / 21.8 | 263 | intergenic (+33/+25) | tldD/PP_0941 | microcin B17 maturation protease/ribosome associated protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (122/127); new base C (4/10); total (126/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.43e-01 | |||||||||||
Only 100 of 265 total aligned reads displayed.
CTGGCACTGGACAGCGGGGTAGGAACGTGCGGAAAGGACGGGCAGTCGGTGCCGGTCGGGGTGGGGCAGCCTACCTTGAAACTGGATGCGATTACCGTGGGCGGTACCGGGGCTTGATGGCTTCGGGGACCCTTGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTG > NC_002947/1091307‑1091603 | gCACTGGACAGCGGGGTAGGAACGTGCGGAAAGGACGGGCAGTCGGTGCCGGTCGGGGTGGGGCAGCCTACCTTGAAACTGGATGCGATTACCGTGGGCGGTACCGGGGCTTGATGGCTTCGGGGACCCTTGCAGGAGCGGGCACGTCCg > 2:2680750/1‑150 (MQ=255) aCTGGACAGCGGGGTAGGAACGTGCGGAAAGGACGGGCAGTCGGTGCCGGTCGGGGTGGGGCAGCCTACCTTGAAACTGGATGCGATTACCGTGGGCGGTACCGGGGCTTGATGGCTTCGGGGACCCTTGCAGGAGCGGGCACGTCCGCt > 2:6680013/1‑150 (MQ=255) tGGACAGCGGGGTAGGAACGTGCGGAAAGGACGGGCAGTCGGTGCCGGTCGGGGTGGGGCAGCCTACCTTGAAACTGGATGCGATTACCGTGGGCGGTACCGGGGCTTGATGGCTTCGGGGACCCTTGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTcc < 2:876188/150‑1 (MQ=255) 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ttGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCAc > 1:4908420/1‑150 (MQ=255) ttGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCAc > 1:1918183/1‑150 (MQ=255) ttGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCAc > 1:2253563/1‑150 (MQ=255) ttGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCAc > 2:545904/1‑150 (MQ=255) gtGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCAc < 2:2266270/149‑1 (MQ=255) 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gCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAg > 2:6054181/1‑150 (MQ=255) aCGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAgct > 2:6854388/1‑150 (MQ=255) | CTGGCACTGGACAGCGGGGTAGGAACGTGCGGAAAGGACGGGCAGTCGGTGCCGGTCGGGGTGGGGCAGCCTACCTTGAAACTGGATGCGATTACCGTGGGCGGTACCGGGGCTTGATGGCTTCGGGGACCCTTGCAGGAGCGGGCACGTCCGCTCCCAC‑AGGGCCCCAGTCCGTCAGCGCAACCCGCGCTGCAACTCGTCGAGGTCGCGGATGTACTTGAACACCTTGCGCGCGGCGGCAGGCGGCTTGTTTCGCGCCTTCTCGTGCTGGGCATGGCGCACCAGCGAGCGTAGCTG > NC_002947/1091307‑1091603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |