| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 119,741 | T→G | 5.5% | E29D (GAA→GAC) ‡ | metN ← | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 119,741 | 0 | T | G | 5.5% | 984.8 / 28.9 | 290 | E29D (GAA→GAC) ‡ | metN | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (123/151); new base G (10/6); total (133/157) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CGCGCAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTA > NC_002947/119593‑119890 | cgcgCAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCtt < 2:5436425/150‑1 (MQ=255) cgcAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCg > 1:6117831/1‑150 (MQ=255) gcAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGa < 2:3824323/150‑1 (MQ=255) 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ttCGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTa < 1:3637326/150‑1 (MQ=255) | CGCGCAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTA > NC_002947/119593‑119890 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |