| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,127,712 | T→C | 6.2% | intergenic (+29/+118) | PP_0983 → / ← PP_0984 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,127,712 | 0 | T | C | 6.2% | 878.6 / 28.7 | 275 | intergenic (+29/+118) | PP_0983/PP_0984 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (135/123); new base C (7/10); total (142/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
Only 100 of 276 total aligned reads displayed.
GGCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCT > NC_002947/1127564‑1127861 | aGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAggg < 1:6329821/150‑1 (MQ=255) gACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTc < 2:6489728/150‑1 (MQ=255) cTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGc < 1:3215756/150‑1 (MQ=255) 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ccGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACGAAAAAGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTCTtgtg < 1:6656074/150‑1 (MQ=38) ccGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTg < 1:738778/150‑1 (MQ=255) ccGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTg < 1:6618875/150‑1 (MQ=255) ccGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTg < 2:1688494/150‑1 (MQ=255) cGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTGTTCGTgg > 2:109846/1‑150 (MQ=255) 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cTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTACTGc < 2:4573090/150‑1 (MQ=255) acgaaaaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTCTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg > 2:1757368/6‑150 (MQ=255) acaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg < 1:2027693/150‑1 (MQ=255) caAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCgg > 1:3598852/1‑150 (MQ=255) gaaaaaGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTCCCGCGCAGGCATCAGGACCGGGCCCGACGGCACCTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGc > 2:3703940/4‑150 (MQ=255) 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aGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCg > 1:5496215/1‑150 (MQ=255) cTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGc > 1:3912442/1‑150 (MQ=255) | GGCCAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCT > NC_002947/1127564‑1127861 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |