| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,127,715 | G→A | 6.3% | intergenic (+32/+115) | PP_0983 → / ← PP_0984 | membrane protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,127,715 | 0 | G | A | 6.3% | 853.2 / 29.5 | 271 | intergenic (+32/+115) | PP_0983/PP_0984 | membrane protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (135/119); new base A (7/10); total (142/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCTGG > NC_002947/1127567‑1127863 | cAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAgg > 2:5829917/1‑150 (MQ=255)cAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAgg < 2:3992752/150‑1 (MQ=255) gACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTc < 2:6489728/150‑1 (MQ=255) 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tGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATttctt > 1:618482/1‑150 (MQ=255) gAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATttcttc < 2:1612207/150‑1 (MQ=255) gAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATttcttc < 1:3289176/150‑1 (MQ=255) ccacgaaaaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTCTTGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCtt > 2:292030/8‑150 (MQ=38) cacaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTc > 1:5533885/1‑150 (MQ=255) acaAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCg < 1:2027693/150‑1 (MQ=255) caAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCgg > 1:3598852/1‑150 (MQ=255) caAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCgg > 2:638559/1‑150 (MQ=255) gaaaaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTCTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGc > 1:156977/4‑150 (MQ=255) aGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGGGTTGATCTGGCCCGGCCTCGTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCCTCCGGCAAGGGCCCGAAGGCAACTCCACTCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCGTCGGCa > 2:1533466/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAcc > 1:4439099/1‑150 (MQ=255) aaaGCCGACCCTGAGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCAcc > 1:438861/1‑150 (MQ=255) aaGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCACCTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCGGCTTCGGCAccc > 2:5556271/1‑150 (MQ=255) aGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCg > 1:6698901/1‑150 (MQ=255) ccTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAg > 1:67984/1‑150 (MQ=255) cTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGc > 1:3912442/1‑150 (MQ=255) | CAGGACCTGCTTGGGCCGTCGAGCCAGGTATTCGGCTTCCCGCCACTGCTGGCGGTGGTGATACCAGCGGGCATCTGTGCCTTGGCCGGTGTGTGGTTGTTGCGCCGGGCAGGGTAATAGCCTGAGCTGCACAAGAAAGCCGACCTCAGGGTCGGCTTTTTCGTGGGTGTTGATCTGGCCCGGCCTCTTCGCGGGTAAGCCCGCGCCTACAGGTACCGCGCAGGCATCAGGAAAGGGCCCGAAGGCAACTCCAATCCTCTGGCTTATTTCTTCTGCTTCGGCACCCGCACCAGCTGG > NC_002947/1127567‑1127863 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |