| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,140,570 | C→A | 5.7% | E454* (GAA→TAA) ‡ | PP_0997 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,140,570 | 0 | C | A | 5.7% | 1068.7 / 34.8 | 316 | E454* (GAA→TAA) ‡ | PP_0997 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (170/127); new base A (13/6); total (183/133) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.73e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
TATGGTTTCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCAAGGGTTG > NC_002947/1140422‑1140718 | aTGGTTTCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGGCGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCa < 2:5419346/150‑1 (MQ=255) tGGTTTCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCACCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAg < 2:2272963/150‑1 (MQ=255) tttCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCt < 1:6692105/150‑1 (MQ=255) ttCCCGGGTATTCCATTTTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTg < 1:2721876/150‑1 (MQ=255) ttCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTg < 1:3036051/150‑1 (MQ=255) ttCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTg < 2:4683579/150‑1 (MQ=255) ttCCCGGGCATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTg < 2:5123006/150‑1 (MQ=255) gtCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTg < 2:3806573/149‑1 (MQ=255) ccGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGcc > 1:1897549/1‑150 (MQ=255) ccGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGGAACAGGCTgtag < 2:5347482/150‑4 (MQ=255) gTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGGAACAGGCTgtaggtga < 1:1479910/150‑8 (MQ=255) tATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTc < 1:2165538/150‑1 (MQ=255) ttCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGc < 2:5829311/150‑1 (MQ=255) tCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGcc < 1:4397337/150‑1 (MQ=255) cATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGt > 1:6642751/1‑150 (MQ=255) cATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGt > 1:5685070/1‑150 (MQ=255) cATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGt > 1:1164892/1‑150 (MQ=255) atatTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTc > 2:3891353/1‑150 (MQ=255) atTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCtt > 2:5619870/1‑150 (MQ=255) aGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGt < 2:4571664/150‑1 (MQ=255) gCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTg > 2:1671169/1‑150 (MQ=255) ctctGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGcc < 1:5484189/150‑1 (MQ=255) tctGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCa > 2:2046136/1‑150 (MQ=255) 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aaGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCg > 2:3618182/1‑150 (MQ=255) cccGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACCGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATc < 2:6732227/150‑1 (MQ=255) cccGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATc > 2:4893405/1‑150 (MQ=255) cGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGata < 2:2963753/131‑1 (MQ=255) cGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATcca > 2:5963942/1‑150 (MQ=255) 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1:241803/1‑150 (MQ=255) tACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCgg > 2:4145044/1‑150 (MQ=255) gccAGCCTGGAACAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCgg > 2:787246/3‑150 (MQ=255) ccAGCCTGGAACAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGc > 1:6169309/2‑150 (MQ=255) aCAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGc > 1:2886188/1‑150 (MQ=255) aCAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGc > 1:4123469/1‑150 (MQ=255) aCAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGc > 2:1528213/1‑150 (MQ=255) cAGCCTGGAACAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGcc > 2:2536449/1‑150 (MQ=255) aGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCa > 2:2451801/1‑150 (MQ=255) ccTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCAAg > 1:4955287/1‑150 (MQ=255) cTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCAAgg < 2:855893/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACt < 2:642060/125‑1 (MQ=255) ttCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACt > 1:642060/1‑125 (MQ=255) ttCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCAAGGGtt < 2:442726/150‑1 (MQ=255) ttCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCAAGGGtt > 2:2478195/1‑150 (MQ=255) tCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCGTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCAAGGGTTg < 2:5376627/150‑1 (MQ=255) | TATGGTTTCCCGGGTATTCCATATTTACGCAGCCTCTGCGCGATAGCCGTGTGCGAAGTTTGCAAGCGCCCGGCCAGTTGCCGTGTTGACGGGTAGCTGGCGTATAAGCGCTGTAACAGTTCGCGCTCGAAATCACCTACAGCCTGTTCCAGGCTGGCCACTTCGCCGTCTTGCCCGCGTGCCACCGAGGTGCCGGCGATATCCAGGTCGCCGATATCCACCAGGTTGCCCTCGCAGATAGCCGCGGCGCGGAAGATCACGTTCTGCAACTGGCGCACATTGCCCGGCCAAGGGTTG > NC_002947/1140422‑1140718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |