| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 119,743 | C→A | 5.1% | E29* (GAA→TAA) ‡ | metN ← | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 119,743 | 0 | C | A | 5.1% | 1026.6 / 27.6 | 302 | E29* (GAA→TAA) ‡ | metN | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (128/158); new base A (10/6); total (138/164) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GCGCAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTAGC > NC_002947/119594‑119892 | gcgcTACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTc < 2:4205026/150‑1 (MQ=255)gcgcAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTc < 2:6427552/150‑1 (MQ=255) cgcAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCg > 1:6117610/1‑150 (MQ=255) cAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGAt < 1:5992105/150‑1 (MQ=255) aaCTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATg < 1:1316799/150‑1 (MQ=255) ggctggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCa < 1:5335258/150‑1 (MQ=255) gctggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAg > 2:3793215/1‑150 (MQ=255) gctggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGACCATCGAAGATGGCCAg < 1:4988547/150‑1 (MQ=255) 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ttCGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTa < 1:5549357/150‑1 (MQ=255) cGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTAGc > 2:6851029/1‑150 (MQ=255) | GCGCAACTGGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTAGC > NC_002947/119594‑119892 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |