| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 119,749 | T→C | 5.4% | T27A (ACC→GCC) | metN ← | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 119,749 | 0 | T | C | 5.4% | 960.0 / 25.4 | 295 | T27A (ACC→GCC) | metN | methionine ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (129/150); new base C (10/6); total (139/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
GGCTGGCGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGCTGGTCGGATTCAGTGCGGGGATTTCCCTACCGGCAACGCGGTAGGTTTTATGTACCTGTTGGAACTCGATCACGTAGCGAACCTTGTGGGGCGCATTGAAATTTGGGTCAGCGGTTAGCTGGGGTCGCGCATTTTAGCCTTTTC > NC_002947/119602‑119898 | ggctggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCa < 1:679144/150‑1 (MQ=255)ggctggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCa < 1:5335258/150‑1 (MQ=255) gctggcGTTGACCGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGACCATCGAAGATGGCCAg < 2:5929893/150‑1 (MQ=255) gctggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGACCATCGAAGATGGCCAg < 1:4988124/150‑1 (MQ=255) ctggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGACCATCGAAGATGGCCAgg < 1:5069613/150‑1 (MQ=255) tggcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGc > 1:1098458/1‑150 (MQ=255) gcGTTGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGCTg < 2:5781384/150‑1 (MQ=255) ttGAACGCGGTGACGTCTTCGCCGTCGACGATGATCGTGCCGCCGGAAGGTTCTTCCAGGCGGTTGATCAGGCGCAGCATGGTGCTTTTGCCAGCGCCGGAATGGCCGATCAGGCCGAACACCTGGCCATCTTCGATGGTCAGGCTGGTc < 2:6756429/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |