| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,204,522 | C→G | 5.8% | A141G (GCC→GGC) | gspF → | protein secretion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,204,522 | 0 | C | G | 5.8% | 1163.0 / 44.0 | 344 | A141G (GCC→GGC) | gspF | protein secretion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (154/169); new base G (8/12); total (163/181) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 346 total aligned reads displayed.
TCAGCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTTCGTCGTGCCCAAACT > NC_002947/1204373‑1204669 | cAGCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGcc < 1:1919821/150‑1 (MQ=255) gCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCa > 2:2498335/1‑150 (MQ=255) gCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCa > 2:3239122/1‑150 (MQ=255) gccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTg < 2:3671015/150‑1 (MQ=255) ccctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGc < 1:3262065/150‑1 (MQ=255) cctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCt < 2:4588482/150‑1 (MQ=255) cctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCGGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCGGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGTGcc < 2:2316008/150‑2 (MQ=255) ctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGTGccc < 1:4569566/150‑3 (MQ=255) ctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGTGccc < 2:4159356/150‑3 (MQ=255) ctgcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGAGCACCTGGGCCAGGTGccc < 1:1156771/150‑3 (MQ=255) gcACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGAc > 1:2639392/1‑150 (MQ=255) cacaGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGGCCAGGTGcccgga < 1:1418236/150‑6 (MQ=255) aGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGc < 2:1281424/150‑1 (MQ=255) tgCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCTTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTgg < 2:476942/150‑1 (MQ=255) cTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGcc < 2:3059453/150‑1 (MQ=255) cTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCt > 2:5148030/1‑150 (MQ=255) ttGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTg < 2:2706278/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTg < 2:2012120/150‑1 (MQ=255) ttGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTg > 2:6713496/1‑150 (MQ=255) ccttcgGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTgg > 2:1607779/5‑150 (MQ=255) cgGCTCACTCGCCGAAGGCCTGCGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCa > 1:2087713/1‑150 (MQ=255) ggCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAg < 1:3919480/150‑1 (MQ=255) ggCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAg < 1:483083/150‑1 (MQ=255) cTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGt < 2:1617791/150‑1 (MQ=255) cTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCGGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGt < 2:5812140/150‑1 (MQ=255) aCTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCa > 2:4453345/1‑150 (MQ=255) cTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCaa > 2:2768831/1‑150 (MQ=255) tCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAAc < 2:5984452/150‑1 (MQ=255) tCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAAc < 2:4965790/150‑1 (MQ=255) tCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAAc > 2:6223889/1‑150 (MQ=255) tCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAAc > 1:843529/1‑150 (MQ=255) tCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAAc > 1:798474/1‑150 (MQ=255) tCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCGTGTCCGGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGCGCGTTCCGGGCCCCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGTCCACCTGGAGCGGGTGctcc > 2:5290624/1‑147 (MQ=255) 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ctgggcctggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAacat > 1:71935/1‑149 (MQ=255) ctgggcctggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAacac < 2:1860837/150‑1 (MQ=255) ctgggcctggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAacac > 1:6488056/1‑150 (MQ=255) tgggcctggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAAcaca > 2:952563/1‑150 (MQ=255) tgggcctggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAAcaca > 1:4075084/1‑150 (MQ=255) gggcctggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACaa < 1:5411209/150‑1 (MQ=255) ggcctggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAg > 1:5677174/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCg < 1:5863402/150‑1 (MQ=255) ggCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCg > 2:2973717/1‑150 (MQ=255) gCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGc < 2:5760262/150‑1 (MQ=255) 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cGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCtgat > 1:4501878/1‑150 (MQ=255) aCGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGtt < 1:2424677/150‑1 (MQ=255) cGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTtc < 1:602208/150‑1 (MQ=255) tCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCACCACAACGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGgtcgtc < 2:6559002/150‑1 (MQ=255) cGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTTcgtcgt < 2:1743197/150‑1 (MQ=255) 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cTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTTCGTCGTGCCCaaa > 1:5325257/1‑150 (MQ=255) cTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTTCGTCGTGCCCaaa > 1:1110416/1‑150 (MQ=255) | TCAGCCTGCCCTGCACAGTGTGCTGGTGGCCTTGCGCGGCTCACTCGCCGAAGGCCTGGGCCTGGCCCGCAGCCTGGCCCGGCAGGGCGCACCGTTCACTGGCTTGTACTGCGCGCTGGTCGAGGCCGGCGAACGTTCCGGGCACCTGGCCCAGGTGCTGACCCGCTTGGCCGACCACCTGGAGCAGGTGCAACGCCAGCAACACAAGGCCCGCACAGCGCTGATCTACCCCGCTGTGCTGATGGGTGTGTCGCTGGCCGTGGTGATTGGCCTGATGACGTTCGTCGTGCCCAAACT > NC_002947/1204373‑1204669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |