| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 149,651 | G→C | 5.1% | R57G (CGC→GGC) ‡ | PP_0141 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 149,651 | 0 | G | C | 5.1% | 1008.6 / 30.8 | 296 | R57G (CGC→GGC) ‡ | PP_0141 | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (119/161); new base C (6/9); total (125/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.40e-01 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GGCCACGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGATT > NC_002947/149502‑149799 | gCCACGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGgcgc < 1:4641583/150‑1 (MQ=255) gctcGTTTTGGGTCACCGTCAGCGATGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGAACGCCTAAGCGCCTGTCTTCCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCa < 1:5202490/147‑1 (MQ=255) aCGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGc < 1:2632383/150‑1 (MQ=255) gTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGccc > 1:1398022/1‑150 (MQ=255) tttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCaa > 1:3783934/1‑150 (MQ=255) ttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAat < 2:2524279/150‑1 (MQ=255) ttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAat < 1:3696172/150‑1 (MQ=255) ttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAat < 2:2108348/150‑1 (MQ=255) 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cgcAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGAtt > 1:4208333/1‑150 (MQ=255) | GGCCACGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGATT > NC_002947/149502‑149799 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |