| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 149,653 | A→G | 5.3% | L56P (CTG→CCG) | PP_0141 ← | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 149,653 | 0 | A | G | 5.3% | 976.9 / 24.1 | 300 | L56P (CTG→CCG) | PP_0141 | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (120/164); new base G (7/9); total (127/173) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
CCACGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGATTAC > NC_002947/149504‑149801 | ccACGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCa > 2:5003378/1‑150 (MQ=255) cACGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAg > 2:5479508/1‑150 (MQ=255) aCGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGc < 1:2632383/150‑1 (MQ=255) cGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGcc > 2:523558/1‑150 (MQ=255) gTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGccc > 1:1398022/1‑150 (MQ=255) tttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCaa < 1:3215925/150‑1 (MQ=255) tttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCaa > 1:3783934/1‑150 (MQ=255) ttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAat < 2:2524279/150‑1 (MQ=255) ttCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAat < 1:3696172/150‑1 (MQ=255) tCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAatg < 2:5598101/150‑1 (MQ=255) cGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAatga < 1:756502/150‑1 (MQ=255) cGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAatga < 1:6793949/150‑1 (MQ=255) ggTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAatgat > 1:1008358/1‑150 (MQ=255) gTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAatgatg > 2:2200447/1‑150 (MQ=255) gTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCATCATTGGGCTGCGCCGGCCCAatgaag < 1:5953003/150‑3 (MQ=255) tCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGAtgc > 1:6629850/1‑150 (MQ=255) cACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGAtgct > 2:3689255/1‑150 (MQ=255) cACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCATCATTGGGCTGCGCCGGCCCAatgaaggg < 2:4583572/150‑5 (MQ=255) 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ccTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGc < 1:3059129/150‑1 (MQ=255) tGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGaa < 1:5531406/150‑1 (MQ=255) aCGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTAcc < 2:5986286/150‑1 (MQ=255) gCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCTGCGCCGGCCCAatgaa > 2:209258/1‑104 (MQ=255) gCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCTGCGCCGGCCCAatgaa < 1:209258/105‑2 (MQ=255) gCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCAc > 2:4232604/1‑150 (MQ=255) 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gccgcTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTa > 1:1535819/1‑138 (MQ=255) gcTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCCGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGAttt > 2:1923025/1‑150 (MQ=255) cTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTc < 2:724512/150‑1 (MQ=255) tCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTcg < 1:4498115/150‑1 (MQ=255) gACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTcgcc < 1:2863086/150‑1 (MQ=255) 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ccTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCt < 2:305848/150‑1 (MQ=255) ccTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCt < 2:5395973/150‑1 (MQ=255) ccGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTggcgg < 1:5618767/150‑1 (MQ=255) ccTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGc > 1:1866827/1‑150 (MQ=255) cTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCg < 2:3274585/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCcgcg < 2:5831813/150‑1 (MQ=255) ttGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCgg < 1:5211636/150‑1 (MQ=255) ttGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCgg < 1:3511648/150‑1 (MQ=255) ggCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCt > 1:2692208/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCtt > 2:6320137/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTc < 2:918965/150‑1 (MQ=255) cgcAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGAtt > 1:6284601/1‑150 (MQ=255) cgcAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGATGCAGATGCCGCGGGCTTCGAtt > 1:788927/1‑150 (MQ=255) cAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGATTAc < 1:5049900/150‑1 (MQ=255) cAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGATTAc < 1:6548283/150‑1 (MQ=255) | CCACGTTTTCGGTCACCGTCAGCGAAGAGAACAGCGCCCCCTTCTGGAACAGCACGCCAAAGCGCCGCTCGACCAGTGAACGCTGTTCTTCGCGCAGGCCGGTCAGGTCCTGGCCGAGCACCTTGATCTGCCCTTCATTGGGCCGGCGCAGCCCAATGATGCTGCGCAGAAGCACCGATTTGCCGCTGCCTGAACCGCCTACCACGGCGAGGATTTCGCCGCGGTACAGGTCAAGGTCAAGGTTTTCATGCACCACCTGGCGGCCGAAGCGGTTGCAGATGCCGCGGGCTTCGATTAC > NC_002947/149504‑149801 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |