Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,424,544 | 0 | T | G | 5.4% | 585.6 / 13.3 | 187 | intergenic (‑78/+59) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (81/94); new base G (9/3); total (90/97) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.33e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 188 total aligned reads displayed.
TGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCA > NC_002947/1424397‑1424691 | tgttgtTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGc < 1:6307662/150‑1 (MQ=255) ttgttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCGCCCCCACGGACGTTGGAGTGCGt > 1:2043864/1‑150 (MQ=255) ttCGCCTTTGTAGAAGCAGGTCTTGCCGTCTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCTTTGTTTTTTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGTCTGGCCTCTTCGCGTGCACGCCCGCTCACACAGGTACTGTGCAGTTCGTGACgg < 1:673765/150‑1 (MQ=255) 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cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCtgtg < 1:3189123/150‑1 (MQ=255) cTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCACTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGcgggg > 2:3293788/1‑146 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg > 2:1787226/1‑150 (MQ=255) ttGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtgg < 2:1306702/150‑1 (MQ=255) tGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTgtggt < 1:35452/150‑1 (MQ=255) 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CGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCGGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACg < 1:1034047‑M1/150‑1 (MQ=255) CGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCCGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGGGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACt > 2:1678473‑M1/1‑150 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTc < 1:5675417‑M1/150‑1 (MQ=255) GCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTc < 1:1410522‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGTGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGa < 2:4298320‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGa < 1:233984‑M1/150‑1 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGa < 1:780461‑M1/150‑1 (MQ=255) TCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAg < 1:6818922‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcc < 1:6000761‑M1/150‑1 (MQ=255) CCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGcc < 2:5550424‑M1/150‑1 (MQ=255) 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tctgCAGTGCGTGACGGCTGTTCTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGTGGCCTCACCTGCTAATGCAAGGTGTTAGGCTCTGAGGGTAAATGCGACCGCAGCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACAGc > 2:6295876/3‑150 (MQ=255) tgCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCtt > 1:164225/1‑150 (MQ=255) gCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTc > 2:5412168/1‑150 (MQ=255) aGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCa > 2:6795967/1‑150 (MQ=255) aGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGCTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCAGTACCGCTTCCa > 2:3114643/1‑150 (MQ=255) | TGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACC‑CTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACTGCATCAACGCCGACTCGACCAGCCCCTGTACCGCTTCCA > NC_002947/1424397‑1424691 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |