| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,450,341 | G→C | 5.5% | G337R (GGG→CGG) ‡ | PP_1263 → | fusaric acid resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,450,341 | 0 | G | C | 5.5% | 1244.8 / 43.2 | 366 | G337R (GGG→CGG) ‡ | PP_1263 | fusaric acid resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (183/163); new base C (7/13); total (190/176) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
Only 100 of 384 total aligned reads displayed.
GAACCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCTACAAC > NC_002947/1450193‑1450490 | gAACCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgg > 2:2573576/1‑150 (MQ=255)gAACCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgg < 1:6247865/150‑1 (MQ=255) aaCCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCggg > 1:35024/1‑150 (MQ=255) aCCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCACCGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgggg < 1:3330787/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgggg < 2:5478579/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgggg < 2:3784583/150‑1 (MQ=255) aCCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCgggg > 1:2739069/1‑150 (MQ=255) taccccGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCGGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGt > 2:3929515/4‑150 (MQ=255) cTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGt < 2:3096341/150‑1 (MQ=255) cccGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGc < 2:1712610/150‑1 (MQ=255) cccGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCAGGGCCACCCCCGGTGGc < 1:5958372/150‑1 (MQ=255) gccgAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCg > 1:4906533/1‑150 (MQ=255) cgAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCt < 2:1810459/150‑1 (MQ=255) cgAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCt > 2:5157598/1‑150 (MQ=255) gAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCCTCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTg > 2:4125067/1‑150 (MQ=255) gAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTg < 2:2688855/150‑1 (MQ=255) gAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCCCCGGTGGccatgaa < 1:6318135/150‑6 (MQ=255) aaCTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTgg > 1:2841814/1‑150 (MQ=255) cTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGaa < 1:6270044/150‑1 (MQ=255) cTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCGTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGaa < 2:3713750/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAAtt > 1:3000798/1‑150 (MQ=255) gTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTc > 2:6365152/1‑150 (MQ=255) tCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTcc < 2:5371038/150‑1 (MQ=255) 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aGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTg < 1:4682859/137‑1 (MQ=255) gCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCgg > 2:1416916/1‑150 (MQ=255) ggCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgc < 1:6310450/150‑1 (MQ=255) ggCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgc < 1:459729/150‑1 (MQ=255) gCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGgcg < 1:1001450/150‑1 (MQ=255) 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cttcCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACt < 1:1917923/150‑1 (MQ=255) cttcCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACt < 2:4009808/150‑1 (MQ=255) cAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGt > 1:1069543/1‑150 (MQ=255) cAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGt < 1:385198/150‑1 (MQ=255) aaCGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTg < 1:1859717/150‑1 (MQ=255) aCGTCGACCTGGTCGGCAGGCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGATTTCCTGACCGGGCGCTAGTTCAACTACATCGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTgg < 2:4491381/150‑1 (MQ=255) gACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTcg > 1:5394771/1‑150 (MQ=255) aCCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTcgg > 1:6480849/1‑150 (MQ=255) aCCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTcgg > 2:1191267/1‑150 (MQ=255) tGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTcggcgg > 1:1640479/1‑150 (MQ=255) ggTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCggg < 1:6787997/150‑1 (MQ=255) ggTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCggg < 2:2160824/150‑1 (MQ=255) aGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGAc < 1:3075729/150‑1 (MQ=255) gCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACg < 1:1813493/150‑1 (MQ=255) cTGGGCCTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTg < 2:281595/150‑1 (MQ=255) 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aCCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCg < 1:753185/138‑1 (MQ=255) ccGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCTACa < 2:5662570/150‑1 (MQ=255) | GAACCTGCCCGCCGAACTGGTCGGCCAGCGGCCTGATGTGGTTGCCAGCCGCTGGCAGGTGGCTGCCCAGGCGCGTGGCATCGACGTCGCTCACGCCGGCTTCTTCCCCAACGTCGACCTGGTCGGCAGCCTGGGCTTCATGGCCACCGGGGGTGGCCCGCTGGAATTCCTGACCGGGCGCAAGTTCAACTACAACGTCGGCCCGGCCATCAGCTTGCCGATCTTTGACGGTGGGCGCCTGCGCTCAGAACTGGGCGTGGCCTCGGCGGGGTATGACGTGGCGGTGGCCCGCTACAAC > NC_002947/1450193‑1450490 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |