| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,452,633 | A→T | 6.0% | Y592F (TAT→TTT) ‡ | PP_1264 → | fusaric acid resistance protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,452,633 | 0 | A | T | 6.0% | 1249.6 / 46.9 | 383 | Y592F (TAT→TTT) ‡ | PP_1264 | fusaric acid resistance protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (164/194); new base T (4/19); total (168/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.51e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 388 total aligned reads displayed.
GCGATCATCCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCGCAGCCGTGGC > NC_002947/1452485‑1452782 | gCGATCATCCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTAt > 1:1512658/1‑150 (MQ=255) cGATCATCCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATg < 2:5319181/150‑1 (MQ=255) gATCATCCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCCTCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCCCCAGGCCTATgc > 2:3516777/1‑149 (MQ=255) gATCATCCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTGCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCGATgg > 1:2043507/1‑150 (MQ=255) tcatcCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGcc > 2:6063456/1‑150 (MQ=255) catcCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCt < 2:504724/150‑1 (MQ=255) atcCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTTGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTg < 2:4350647/150‑1 (MQ=255) atcCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTg < 1:5642337/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCGCCAGGCCATAGGCCTggt < 2:2900180/150‑2 (MQ=255) ccTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTggc < 1:2173721/150‑1 (MQ=255) ccTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCATAGGCCTggt < 1:3867143/150‑2 (MQ=255) ccTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCATAGGCCTggt < 1:4931162/150‑2 (MQ=255) ccTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCATAGGCCTggt < 1:914237/150‑2 (MQ=255) cTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTggcg < 1:2306462/150‑1 (MQ=255) gccgccCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCATAGGCCTggtgca < 1:1187987/150‑5 (MQ=255) cgccCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGcggccg < 2:3847382/150‑1 (MQ=255) gccCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCTGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCGGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCATATGGCCTGGcggccgg < 1:6502313/150‑1 (MQ=255) gccCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCGCCAGGCCATAGGCCTggtgcagca < 2:6527915/150‑8 (MQ=255) cccAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGcggccggc > 2:5945725/1‑150 (MQ=255) cccAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGcggccggc > 1:2575922/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCa < 2:3036027/150‑1 (MQ=255) gTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCa > 1:1083347/1‑150 (MQ=255) gTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCa < 1:2648681/150‑1 (MQ=255) tgtgGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCaga < 1:3811994/150‑1 (MQ=255) gtgGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGGTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGACAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCagag < 2:2368692/150‑1 (MQ=255) tgGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGc > 2:292809/1‑150 (MQ=255) ggAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGcc > 2:6275876/1‑150 (MQ=255) ggAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGcc > 1:5579252/1‑150 (MQ=255) gAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCa > 2:3226469/1‑150 (MQ=255) gccTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGa > 1:1992081/1‑150 (MQ=255) gccTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGa < 1:3736463/150‑1 (MQ=255) ccTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGAt < 1:3230847/150‑1 (MQ=255) tGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATgg < 1:6581575/150‑1 (MQ=255) 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cGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCAc > 2:10661/1‑150 (MQ=255) cGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCAc > 1:6364178/1‑150 (MQ=255) cACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGc < 2:5207670/65‑1 (MQ=255) cACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGc > 1:5207670/1‑65 (MQ=255) ccGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGc > 2:4933587/1‑150 (MQ=255) ccTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGc > 1:4222543/1‑150 (MQ=255) ctgctgCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGcc < 2:4020788/150‑1 (MQ=255) gctgcACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGa < 1:546575/150‑1 (MQ=255) tgcACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGt > 1:6726689/1‑150 (MQ=255) cACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCg > 2:1533972/1‑150 (MQ=255) aCCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCGc < 1:1012996/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCGCa < 1:6063456/150‑1 (MQ=255) aGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCGCAGc > 2:1423347/1‑150 (MQ=255) cTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCGCAGCCGTg < 1:2082997/150‑1 (MQ=255) tATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGa > 2:3189487/1‑52 (MQ=255) aTGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCGCAGCCGTGgc < 1:850246/150‑1 (MQ=255) | GCGATCATCCTGCCGCCCAACAGCCGCTGGTTGTGGAGCCGCCTGGAGCAGGCGTTGCGCGAGCAGGTGCTGTTCGCCATCAGCGGCCGCCTGCGCGGCCTGGGCTCGGCCTTCGAAAGCCGCACCCGCGACCTGCTGCACCAGGCCTATGGCCTGGCGGCCGGCAAGCCGCAGGTGCAGAGCCAGCTGATGGGCTGGATGTTCACCGTGCTGGAGATCGGCCACGCCGTCATCGAGCTGCGCAAGGAGCAAGCCCGCGCCCCGGTGCACCCGGCCTATGCCGAGTCGCAGCCGTGGC > NC_002947/1452485‑1452782 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |