| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,455,005 | G→A | 5.7% | R7C (CGC→TGC) | PP_1268 ← | HtrA suppressor protein SohA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,455,005 | 0 | G | A | 5.7% | 950.7 / 29.2 | 299 | R7C (CGC→TGC) | PP_1268 | HtrA suppressor protein SohA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (137/145); new base A (6/11); total (143/156) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 299 total aligned reads displayed.
ATCTTGTCACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGC > NC_002947/1454857‑1455153 | ttCTTGTCTCGTTTTTTCAAGCCCTAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGa < 2:6822411/149‑1 (MQ=255) cTTGTCACGTTTTTTCAAGCCCTAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGatt < 2:5348251/150‑1 (MQ=255) cTTGTCACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGatt < 2:2211956/150‑1 (MQ=255) tGTCACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGattgc < 1:3001994/150‑1 (MQ=255) tCACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGattgcat < 2:506596/150‑1 (MQ=255) tCACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGattgcat > 1:2347390/1‑150 (MQ=255) cACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGattgcatt > 1:5914720/1‑150 (MQ=255) aCGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCGGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGattgcattg > 1:5818255/1‑150 (MQ=255) 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tACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACcg > 1:90895/1‑150 (MQ=255) tACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACcg > 2:1385664/1‑150 (MQ=255) aaCTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGa > 2:5805167/1‑150 (MQ=255) aCTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGAc < 1:6627812/150‑1 (MQ=255) gacAAGGCAATGCAATCGCATTACCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACa > 2:1557852/3‑150 (MQ=255) cTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCa < 2:2657088/64‑1 (MQ=255) cTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACa < 1:3830292/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACa < 2:1861084/150‑1 (MQ=255) cTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACa < 2:3049592/150‑1 (MQ=255) aaGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggt < 1:43703/150‑1 (MQ=255) aaGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggt > 2:2565093/1‑150 (MQ=255) aaGGCAATGCAATCGCATTACCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggt > 1:3590288/1‑150 (MQ=255) ggcaaTGCAATCGCATTACCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtgg > 2:1733518/4‑150 (MQ=255) ggTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtgg < 2:6311695/150‑1 (MQ=255) tAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcg > 1:2586760/1‑150 (MQ=255) tAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcg < 1:2491392/150‑1 (MQ=255) tAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcg < 1:5570391/150‑1 (MQ=255) aaTGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACGCTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcgg > 1:1395651/1‑150 (MQ=255) aTGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcggt < 1:4558085/150‑1 (MQ=255) gCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcggtgg < 2:5914720/150‑1 (MQ=255) cGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACTCTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAggtggcggtggc < 2:3872576/150‑1 (MQ=255) | ATCTTGTCACGTTTTTTCAAGCCCAAGGCGCGCCGCACCGTTTCGGGAACAGTGGTTTGATAGCGATCGGTCAGCGTGGACTCGACGTCGAAGGTGGCAGCCATGAGTAATGTCCTGTGGGTGACAGCGATACAACTCAAGGTAATGCGATTGCATTGCCTTGTCAATGCAGGTGCATTACCACGGTGATGAGCGGTCAGGCAGAGCCCACCAACACTGGCATGTCTACCCGGTCAATCACCTTCGCGCTGATTGACGGGTCCAGCAACCGCCCCAACCGCGACAGGTGGCGGTGGC > NC_002947/1454857‑1455153 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |