Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,525,988 | C→G | 5.3% | T85R (ACG→AGG) | murD → | UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,525,988 | 0 | C | G | 5.3% | 1217.1 / 40.9 | 357 | T85R (ACG→AGG) | murD | UDP‑N‑acetylmuramoylalanine‑‑D‑glutamate ligase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (161/177); new base G (11/8); total (172/185) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.63e-01 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
TGCGGTCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGGCCGCC > NC_002947/1525839‑1526136 | gTCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCGTGGCCAAGGCCAGGCCg < 1:1712838/150‑1 (MQ=255) tCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCGTGGCCAAGGCCAGGCCgg < 1:3308507/150‑1 (MQ=255) tCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCGTGGCCAAGGCCAGGCCgg < 1:4063106/150‑1 (MQ=255) tCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCGTGGCCAAGGCCAGGCCgg < 1:4282869/150‑1 (MQ=255) tCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCgg > 1:5394971/1‑150 (MQ=255) cGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGc < 1:5983259/150‑1 (MQ=255) cGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGc < 2:3149568/150‑1 (MQ=255) ccGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCt > 2:6128964/1‑150 (MQ=255) gATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTg > 1:362565/1‑150 (MQ=255) tACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCACCGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTgca < 2:3832224/150‑1 (MQ=255) tACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTgca < 2:5011592/150‑1 (MQ=255) tACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGACCACGCCGGCCTTgca < 1:5190346/150‑1 (MQ=255) ccGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTgcagca > 2:5512655/1‑150 (MQ=255) gcgAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAgg < 2:5881238/150‑1 (MQ=255) gcgAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAgg > 2:3385044/1‑150 (MQ=255) cagcCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGcc < 1:5138053/150‑1 (MQ=255) gccgccGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCcgc > 2:3535938/1‑150 (MQ=255) ccgccgGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCcgcg > 1:111123/1‑150 (MQ=255) 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tgCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTcc > 1:2791313/1‑150 (MQ=255) cgcgCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGTCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAAc < 2:716936/150‑1 (MQ=255) cAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCaa > 2:147294/1‑150 (MQ=255) cAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCaa < 2:806949/150‑1 (MQ=255) aaCGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGcc < 1:649624/119‑1 (MQ=255) cTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCAcc < 2:3791841/150‑1 (MQ=255) cTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCAcc < 2:1607402/150‑1 (MQ=255) gTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCTGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGt > 2:4190473/1‑150 (MQ=255) tACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTc < 1:4685052/150‑1 (MQ=255) gTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCacg > 2:5298131/1‑150 (MQ=255) gAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCacgac < 1:3342673/150‑1 (MQ=255) ggccGGCGTGGCCAAGGCCAGGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCt > 2:4875522/3‑150 (MQ=255) ccccGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCt > 2:652424/1‑150 (MQ=255) cccGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTg < 1:5512551/150‑1 (MQ=255) gcctggcctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCg < 2:1852886/150‑1 (MQ=255) tggcctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTg > 1:6318987/1‑150 (MQ=255) tggcctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTg < 1:2198221/150‑1 (MQ=255) tggcctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTg > 2:1909707/1‑150 (MQ=255) tggcctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTg < 2:3342233/150‑1 (MQ=255) gcctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGaa > 1:5735939/1‑150 (MQ=255) gcctTGGCCACGCCGGACTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGAGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGaa > 2:5175959/1‑150 (MQ=255) cctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGaaa < 2:6346038/150‑1 (MQ=255) ctTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAAt > 1:3657225/1‑150 (MQ=255) gCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgcc < 1:6128964/150‑1 (MQ=255) gCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgcc < 1:6837767/150‑1 (MQ=255) gCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGgcc > 2:907236/1‑150 (MQ=255) | TGCGGTCGCCGATACCCGCGAGCAGCCGCCGGAACTGGAAACCCTGCGCCGTGATTACCCGCAGGTGGAAGTGCGCTGTGGTGAACTGGACGTGGACTTCCTGTGCCGCGCCAACGAGCTGTACGTGAGCCCCGGCCTGGCCTTGGCCACGCCGGCCTTGCAGCAGGCTGCCGCGCGTGGCGTGAAGCTGTCTGGCGACATAGAGCTGTTTGCTCGCCATGCCAAGGCGCCGATCGTTGCCATCAGTGGTTCCAACGCCAAGAGCACCGTCACGACGCTGGTCGGTGAAATGGCCGCC > NC_002947/1525839‑1526136 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |