| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,539,901 | C→A | 12.6% | intergenic (+101/‑82) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,539,901 | 0 | C | A | 12.6% | 691.2 / 71.0 | 230 | intergenic (+101/‑82) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (121/80); new base A (18/11); total (139/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTT > NC_002947/1539752‑1540049 | gtgtGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCAATGCCAAGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCATGGTGTCGCTTTGCGGCCCTGTCGCAACACAATGCCGCTCCCACAGGTACAGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATc > 1:119093/1‑150 (MQ=255) gtgGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCt > 1:3477501/1‑150 (MQ=255) ttCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtgtg < 2:812572/150‑1 (MQ=255) 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ccATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGtttt < 1:6611057/150‑1 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTg > 2:5743950/1‑150 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTg < 2:2357711/150‑1 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTg > 2:5890807/1‑150 (MQ=255) cATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTg > 2:4099105/1‑150 (MQ=255) aTGGACGAGCGCGGTACCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTTGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGa > 1:6065979/1‑150 (MQ=38) tGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGaa > 2:6258258/1‑150 (MQ=255) ggaCGAGCGCGGTACCTGTGGGAGCGGCCTTGTGTTGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAAc > 2:390897/3‑150 (MQ=38) gAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAAc > 2:2579092/1‑150 (MQ=255) gAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAAc > 2:638214/1‑150 (MQ=255) gggCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCgg < 2:3799860/150‑1 (MQ=255) cgcgATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTAt > 1:1892730/1‑150 (MQ=255) gcgATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATc > 1:2921201/1‑150 (MQ=255) cgATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGGTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCg < 2:2664738/150‑1 (MQ=255) gATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGc > 1:5698050/1‑150 (MQ=255) tCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCtt > 1:1811064/1‑150 (MQ=255) | GTGTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTT > NC_002947/1539752‑1540049 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |