Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,539,903 | T→C | 11.8% | intergenic (+103/‑80) | secA → / → argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,539,903 | 0 | T | C | 11.8% | 629.6 / 56.6 | 229 | intergenic (+103/‑80) | secA/argJ | protein translocase subunit SecA/glutamate N‑acetyltransferase/amino acid acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (120/80); new base C (17/10); total (139/90) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.93e-01 |
Only 100 of 241 total aligned reads displayed.
GTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTTCTG > NC_002947/1539754‑1540052 | gtgGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCt > 1:3477501/1‑150 (MQ=255) tgGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCtt < 1:454024/150‑1 (MQ=255) gTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTtgt < 1:5137065/150‑1 (MQ=255) 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ttCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCGTGAACGGGTGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtgt > 1:3808499/1‑150 (MQ=255) ttCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAAGGATCGCGCCCGTTCATGGACGAGCGCGGTACCTGTGGGAGCGGCCTtgt < 2:2244539/150‑1 (MQ=21) ttCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCCCCCACAAGGATCGCGCCCGTTCATGGACGAGCGCGGTACCTGTGGGAGCGGCCTtgt < 1:1002178/150‑1 (MQ=18) gtCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGCTCTGAACCTTACCTTGTCCAAGCCGGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTtgt < 1:259274/149‑1 (MQ=255) aaGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTc > 1:156945/1‑150 (MQ=255) 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ttGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGATGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTTCTg > 2:6860524/1‑150 (MQ=255) | GTGGTTCGGGCAAGAAGTTCAAGCATTGCCACGGTCAGATCGAGTGATCTGAACCTTACGTTGTACAAGCCTGGGGTCGCTTTGCGGCCCTTTCGCAACACAAGGCCGCTCCCACAGGTACCGCGCTCGTCCATGAACGGGCGCGATCCTTGTGGGGGCGGCCTTGTGTCGCG‑ATGGGGTGCGAAGCGGCCCCTTTTTCGACATCATCGTTTTTTCTAGGAGCGCTCTAATGGCTGTTGGTCTTGGTCCTTTGCCCACCCTGCACCCGGTTCCGGGTTTTGAACTCGGTATCGCTTCTG > NC_002947/1539754‑1540052 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |