| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 1,542,945 | A→T | 5.4% | intergenic (+16/+17) | PP_1348 → / ← pduO | MutT/nudix family protein/thiamine‑phosphate pyrophosphorylase/ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,542,945 | 0 | A | T | 5.4% | 954.4 / 29.1 | 277 | intergenic (+16/+17) | PP_1348/pduO | MutT/nudix family protein/thiamine‑phosphate pyrophosphorylase/ATP:cob(I)alamin adenosyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (141/121); new base T (11/4); total (152/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
CGCAGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGTGGC > NC_002947/1542796‑1543094 | cgcAGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCaaa < 2:2283913/150‑1 (MQ=255) gcAGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAag < 2:1303108/150‑1 (MQ=255) gcAGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAag > 2:4107758/1‑150 (MQ=255) aGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAagca < 2:748686/150‑1 (MQ=255) aGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAagca < 1:1001618/150‑1 (MQ=255) aGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAagca < 1:3935304/150‑1 (MQ=255) gTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGccc > 1:4497745/1‑150 (MQ=255) aCTGCCGGGTTCAACTAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCtt < 2:1272773/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCtt < 2:5078007/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCtt < 2:220518/150‑1 (MQ=255) tGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTa < 1:4691295/150‑1 (MQ=255) tCAACAAGCCTGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCTGGCGTTCTTGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGc < 2:6747751/150‑1 (MQ=255) tCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCACGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGc < 2:6041789/150‑1 (MQ=255) aacaaGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCt > 1:1747839/1‑150 (MQ=255) aacaaGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCt > 2:3640506/1‑150 (MQ=255) aacaaGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCt > 2:5314604/1‑150 (MQ=255) acaaGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCtt < 1:1396511/137‑1 (MQ=255) acaaGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCtt > 2:1396511/1‑137 (MQ=255) 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ctgctgGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGgggcg < 1:743658/150‑1 (MQ=255) gctgGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGgggcggg > 1:2614598/1‑150 (MQ=255) gctgGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGgggcggg > 2:4182395/1‑150 (MQ=255) ggggtgggGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCt < 1:4045681/149‑1 (MQ=255) gggaGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCATTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCacaa < 2:4805956/147‑1 (MQ=255) 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agggggCTGCTTTGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGa < 1:459220/120‑1 (MQ=255) aaGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACg > 2:2093319/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACg > 1:5509397/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACg > 1:5247878/1‑150 (MQ=255) aaGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACg < 2:5930079/150‑1 (MQ=255) aaGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTACCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACg > 1:3612008/1‑150 (MQ=255) gggggCTGCTTTGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAGAGCCGGTTGATATACGCCAGACCa > 1:2839908/2‑146 (MQ=255) gggggCTGCTTTGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAGAGCCGGTTGATATACGCCAGACCa < 2:2839908/145‑1 (MQ=255) ggggCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGcc > 1:2956487/1‑150 (MQ=255) gggCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCt > 1:6116686/1‑150 (MQ=255) gCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTc < 2:3549472/150‑1 (MQ=255) cTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTcc < 2:1747839/150‑1 (MQ=255) tGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCgat < 2:1476398/85‑1 (MQ=255) tGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCa > 2:2453176/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAg > 1:2689051/1‑150 (MQ=255) gCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAg > 1:5672992/1‑150 (MQ=255) cAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCTCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGt > 1:4195314/1‑150 (MQ=255) cAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGt > 2:3925175/1‑150 (MQ=255) cAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGt < 1:3245473/150‑1 (MQ=255) aaaGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGTg > 2:3754271/1‑150 (MQ=255) agcagcCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCTGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGTGGc < 1:4107758/150‑1 (MQ=255) agcagcCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGTGGc > 2:4976221/1‑150 (MQ=255) | CGCAGCGGTTGACTGCCGGGTTCAACAAGCCGGTTTACCTGCTGGGTGGGGTAGGGCCGAGTGAGCGCGAGCAGGCCTGGGAAGCCGGGGCACAGGGTGTAGCCGGGATCCGGGCGTTCTGGCCCGAGGTTTGAGTCAAGGGGCTGCAAAGCAGCCCCCTTTAGTATCAGCCTTCAGGTTTGGGGGCGGGCTGCCACAACACTTCTGCAATGCCTTGCCGCCGCCCGATGATCCGTGCTGCCACAAAGAGCAGGTCGGAAAGCCGGTTGATATACGCCAGACCAACGCCTTCCAGTGGC > NC_002947/1542796‑1543094 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |