| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,543,553 | C→G | 5.1% | V670L (GTG→CTG) | PP_1350 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,543,553 | 0 | C | G | 5.1% | 1264.9 / 40.5 | 371 | V670L (GTG→CTG) | PP_1350 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (162/190); new base G (12/7); total (174/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.00e-01 | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
AGGCTGTCCACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAGGGGCAGGCGTAGGGTAAAGCAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCC > NC_002947/1543404‑1543701 | gCTGTCCACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCAccg > 1:1852269/1‑150 (MQ=255) cTGTCCACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCAccgc < 1:1210785/150‑1 (MQ=255) ccACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCt > 1:3206247/1‑150 (MQ=255) 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ttCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAggg > 2:5163764/1‑150 (MQ=255) ttCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAggg < 2:333618/150‑1 (MQ=255) ttCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCAGTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAggg > 2:2774217/1‑150 (MQ=255) gATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAGGGGCa < 1:5112439/150‑1 (MQ=255) cgGGTGGTCCTTGGGCACTCGCCGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGAGCTTCGACCGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCGGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAGGGGCAGGCGTa < 2:1305465/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |