| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,543,556 | C→G | 5.1% | A669P (GCG→CCG) | PP_1350 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,543,556 | 0 | C | G | 5.1% | 1259.2 / 40.5 | 371 | A669P (GCG→CCG) | PP_1350 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (161/190); new base G (12/7); total (174/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 385 total aligned reads displayed.
CTGTCCACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAGGGGCAGGCGTAGGGTAAAGCAGGTGCCTTGGCCTGGCGTGGATTGCACTTCCATCTGCCCCTTGTGGTTGTTGGTGATGATGAAGTAGGAGACCGACAGGCCCAGCCCGGTACCCTGGCCGATTTCCTTGG > NC_002947/1543407‑1543705 | cTGTCCACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCAccgc < 1:1210785/150‑1 (MQ=255) ccACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCt > 1:3206247/1‑150 (MQ=255) cACCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTg > 1:3337142/1‑150 (MQ=255) aCCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGc > 1:1121589/1‑150 (MQ=255) aCCTCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGc > 2:2544984/1‑150 (MQ=255) tCGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCgg > 1:4507534/1‑150 (MQ=255) cGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGCTCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGc < 2:565483/150‑1 (MQ=255) cGCCAATCGCTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGc > 2:716045/1‑150 (MQ=255) 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cTTCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAgg < 2:6010385/150‑1 (MQ=255) ttCGATCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCAGTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAggg > 2:2774217/1‑150 (MQ=255) aTCCGCGGGTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAGGGGCAg < 2:6591514/150‑1 (MQ=255) cgGGTGGTCCTTGGGCACTCGCCGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGAGCTTCGACCGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCGGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAGGGGCAGGCGTa < 2:1305465/150‑1 (MQ=255) gggTGGTCCTTGGGCACTCGACGGCCGTCGCCCAGGCCGGTTTCGCCTTTGTCGCCGGTGCGGGTATAGATCTTCGAAAGGCGGTAGCCCATGTCATTGCTCCGTTCTGGCCGGCACCGCCGCTGCCGGCTGGGTGAGGGGCAGGCGTAg < 1:23088/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |