Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,567,161 | 0 | C | G | 5.7% | 947.3 / 32.1 | 280 | intergenic (‑80/‑89) | pctA/PP_1372 | methyl‑accepting chemotaxis protein PctA/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (131/133); new base G (4/12); total (135/145) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.15e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 292 total aligned reads displayed.
TGAAGGCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGGCAAG > NC_002947/1567012‑1567310 | tGAAGGCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTc > 2:5582306/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTc > 2:3715307/1‑150 (MQ=255) gAAGGCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTcc < 2:6442339/150‑1 (MQ=255) gAAGGCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTcc < 1:763817/150‑1 (MQ=255) ggCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCtt < 1:3981707/150‑1 (MQ=255) ggCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCtt > 2:339693/1‑150 (MQ=255) gCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCttt > 1:4297786/1‑150 (MQ=255) gAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTc < 1:1634691/150‑1 (MQ=255) aggaTCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGACTCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGGGACTTTTCg < 2:6607504/147‑1 (MQ=255) gTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCgg < 2:6718004/150‑1 (MQ=255) gTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGGGACTTTTCgg < 1:286398/150‑1 (MQ=255) gTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGGGACTTTTCgg < 1:1581913/150‑1 (MQ=255) aTCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCt < 2:5017023/150‑1 (MQ=255) 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gccgccAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTaa > 2:4304474/1‑150 (MQ=255) aaaaGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGaa > 2:268034/1‑150 (MQ=255) aaaaGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGaa < 1:3579889/150‑1 (MQ=255) aaaGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAAt > 2:5357675/1‑150 (MQ=255) aaGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATa > 2:4687636/1‑150 (MQ=255) 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1:3734762/150‑1 (MQ=255) cATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGgccag > 1:3132325/1‑150 (MQ=255) aTCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGt < 2:1510259/127‑1 (MQ=255) aTCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGt > 1:1510259/1‑127 (MQ=255) cGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGt > 1:5439048/1‑150 (MQ=255) cGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGt < 2:5742326/150‑1 (MQ=255) 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TGAAGGCGAGTATCACGATCAGTGATGCCGCCAAAAGAATCTTGTGGCTGAAACGAAGGCTTTTGTTCATGGCGTAATCGGTTCCGCTAAGGTTTTATATCAGGCGTTCGCACGAGTGGAGCCGTAGGTTGTGCAACATCCCGAAAAGTCCCTTTTCGGCTGTTCCTCTCTATTAAGGCGAATAACACCCACAGGTATCGGCCGAATTAAGCTAAAGCTTGAGCAGAGGATTAAAGAGATGTCGGAATTTTCGACCATCGTTGTAGGCGCGGGCCCGGATGGCCAGCCAGTCGGGCAAG > NC_002947/1567012‑1567310 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |