| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,686,549 | A→C | 13.6% | Y26S (TAC→TCC) | recJ → | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,686,549 | 0 | A | C | 13.6% | 780.3 / 46.3 | 314 | Y26S (TAC→TCC) | recJ | ssDNA‑specific exonuclease RecJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (163/102); new base C (2/47); total (165/149) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.39e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TCGTGACTGACGACCGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCGGCG > NC_002947/1686400‑1686695 | tCGTGACTGACGACCGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTa < 2:4324834/150‑1 (MQ=255) ctgacGACCGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTAcgccgc < 2:3063901/150‑1 (MQ=255) ctgacGACCGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTAcgccgc < 1:2047137/150‑1 (MQ=255) tgacGACCGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCcgcg > 2:5225594/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCgcggc < 2:4597797/150‑1 (MQ=255) cGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCgcggcg > 1:6282552/1‑150 (MQ=255) gTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGt < 2:4239214/150‑1 (MQ=255) gTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGt < 1:104010/150‑1 (MQ=255) ggCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGtaa < 1:5843781/150‑3 (MQ=255) ggCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGc > 1:1421200/1‑150 (MQ=255) gCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGtaaa < 1:2843969/150‑4 (MQ=255) gCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCAAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGtaaa < 1:5101879/150‑4 (MQ=255) cAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGtaaagg < 1:2711114/150‑6 (MQ=255) cAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGtaaagg < 1:4900965/150‑6 (MQ=255) cAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCaga > 1:2476592/1‑150 (MQ=255) cATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCg < 2:6393689/150‑1 (MQ=255) cATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTGTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCg > 2:4007019/1‑150 (MQ=255) tGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAg < 2:3403569/150‑1 (MQ=255) 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ctgTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCAATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACa < 1:3128626/148‑1 (MQ=255) gctgctCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGc < 2:2282330/150‑1 (MQ=255) gctCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTg < 1:5586531/150‑1 (MQ=255) gctCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTg < 2:5610552/150‑1 (MQ=255) ctCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTgg > 2:2465214/1‑150 (MQ=255) tCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGc < 2:1698044/150‑1 (MQ=255) ggTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCAc > 2:1652941/1‑150 (MQ=255) aGCTTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGTTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCct < 1:4954167/150‑1 (MQ=255) aGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCAGGCACGCct > 1:4155655/1‑150 (MQ=255) ggTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGGTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCGGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCtgctgc < 1:5384564/150‑1 (MQ=255) 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ccTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCa > 2:615261/1‑150 (MQ=255) ttGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATc < 2:2185936/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTCCGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCAtcgtc < 2:5828008/150‑1 (MQ=255) cGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGAccagcgcca > 2:642855/1‑134 (MQ=255) tctgcaCGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCgg > 2:602187/6‑150 (MQ=255) tctgcaCGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCgg > 1:4015542/6‑150 (MQ=255) cTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCGGc > 1:3585752/1‑150 (MQ=255) tttACGCCGCGCGTGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCGGCg > 2:3345229/1‑150 (MQ=255) tttACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCGGCg > 1:2374989/1‑150 (MQ=255) tttACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCGGCg > 1:3298668/1‑150 (MQ=255) tgcaCGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCGGCg > 2:4159338/4‑150 (MQ=255) | TCGTGACTGACGACCGTGGCCAGCATGAAGTGCAACTGCAGTGGCTGCTCGGTGAGCGTGGTTGAAGCAACACATGCGTATCGAACCTCGCCCGCTGCCGCCGACCCTGCCATTTCTGGGTAACCTGCCACCCTTGCTGACCCGCCTTTACGCCGCGCGCGGCGTGCAGAGCGAGGCCGAGCTGGACAAGAGCCTGGCACGCCTGCTGCCCTACCAGCAGCTCAAGGGCATCGAGGCCGGTGTGGACCTGCTGGTCGAAGCCATCGACCAGCGCCAGCGCATCCTCATCGTCGGCG > NC_002947/1686400‑1686695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |