| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,717,071 | A→C | 12.0% | intergenic (+71/‑187) | ppc → / → adk | phosphoenolpyruvate carboxylase/adenylate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,717,071 | 0 | A | C | 12.0% | 514.6 / 2.1 | 221 | intergenic (+71/‑187) | ppc/adk | phosphoenolpyruvate carboxylase/adenylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (128/37); new base C (2/26); total (133/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.38e-13 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 222 total aligned reads displayed.
GCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGAA > NC_002947/1716923‑1717220 | gCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAg < 2:3933318/150‑1 (MQ=255) ctctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAgg < 2:6143513/150‑1 (MQ=255) ctctGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGCA‑GGCGGTTGCGCCTGgc < 1:1091156/150‑1 (MQ=255) 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ccGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCt > 2:2110315/1‑150 (MQ=255) ggAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCg > 2:4089152/1‑150 (MQ=255) aGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCACCCGCCTGCCCgga > 2:3284672/1‑149 (MQ=255) cAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACCGGGCAGGCGGTTGCGCCTGGCGCAACCGCCCTCCCCGTcc < 1:5075413/150‑2 (MQ=38) gCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGcc > 1:6430099/1‑150 (MQ=255) 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gtggggggTTGCGCCTGGCGAACCCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTg < 2:5845549/148‑1 (MQ=255) gtggggggTTGCGCCCGGCGCACCCCCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTg < 2:68582/148‑1 (MQ=255) gAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTg > 1:3878406/1‑150 (MQ=255) gAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTg > 2:1863976/1‑150 (MQ=255) tggggggTGGCGCCGGGCCCACCCCCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTgg < 1:4000531/149‑1 (MQ=255) gggCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGc > 1:4959672/1‑150 (MQ=255) gggCGGGTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGc < 2:6249374/150‑1 (MQ=255) ggggTTGCGCCTGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGccc < 2:488919/148‑1 (MQ=255) gggTTGCGCCGGGCCCACCCCCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCt < 1:4616584/149‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCTGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCTCTGTCTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATGTTCCTGACTAGGCCCTg > 2:2507760/1‑150 (MQ=255) ggTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTg < 2:138908/150‑1 (MQ=255) ggTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGAGTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTg > 2:1753960/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGt > 1:5131376/1‑150 (MQ=255) ttGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGt > 2:1002624/1‑150 (MQ=255) cgcCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTAt > 2:5735327/1‑114 (MQ=255) gcCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGcc > 2:1269601/1‑150 (MQ=255) gcCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGcc > 1:6677564/1‑150 (MQ=255) gcCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGAGTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGcc > 2:3753830/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGa > 2:3004453/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCGTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTg > 2:4456076/1‑136 (MQ=255) aGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGaa > 1:6292404/1‑150 (MQ=255) | GCTCTGGACAGCCCGTTGGAGCAGGCCTTGCTGGTGACCGTGGCGGGTATTGCCGCCGGGCTGCGCAACACCGGCTAAGGGCAAGCCCGGGTCA‑TGTCTGGTGACGGCCATACAGGCCCGGCACAAGGACGGGGAGGGCGGTTGCGCCAGGCGCAACCGCCTGCCCGGTCAGCCGCAAGTGGCGCATTCCTGCAACTTTGGGACGCTTGTCTGGCTGCCGGGCGCTGTGTATCTTGAGCAGCCTTCTGACCGATTTATGGTCATACCCGATTTTCCGGACTTGGCCCTGGTCGCCGAA > NC_002947/1716923‑1717220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |