Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_002947 | 1,717,943 | T→A | 5.5% | intergenic (+35/‑105) | adk → / → tsaB | adenylate kinase/endopeptidase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NC_002947 | 1,717,943 | 0 | T | A | 5.5% | 913.3 / 24.9 | 270 | intergenic (+35/‑105) | adk/tsaB | adenylate kinase/endopeptidase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (118/137); new base A (8/7); total (126/144) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
GGATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGTTC > NC_002947/1717794‑1718091 | ggATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCtt > 2:5580323/1‑150 (MQ=255) aTTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGc < 2:4181380/150‑1 (MQ=255) ttCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCgg < 2:5169532/150‑1 (MQ=255) 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aTGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGcaca > 1:2639269/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGcaca < 1:6036711/150‑1 (MQ=255) ggcggcAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAgc < 1:5240960/150‑1 (MQ=255) gCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTc < 1:511871/150‑1 (MQ=255) ccGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTTCGGGCCGTTGTCGTTTGTATGCCGCACAGCGCCCC‑CGCa > 1:150039/1‑150 (MQ=255) 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aCCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGTCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCAGCTGGCCCTGGATAc > 2:4582882/1‑150 (MQ=255) ccTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATAcc < 2:5869404/150‑1 (MQ=255) cTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCg > 2:373673/1‑150 (MQ=255) gACAACGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGGTCGATGACCACCCTGCTGGCCCGGGATACCGccc > 1:1025806/1‑149 (MQ=255) aaCGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCg > 2:1139824/1‑150 (MQ=255) aaCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCg > 2:4763096/1‑150 (MQ=255) aCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGa > 2:2367621/1‑150 (MQ=255) aCGGCCCGCAAGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACGGCCGCTCTTTTTAATTGGCACCTGGGTACCCGGTCGATGACCACCCTGCTGGCCCGGGGTACCGCCCCCGa > 1:795444/1‑150 (MQ=255) cGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGaa < 2:2048290/150‑1 (MQ=255) ccGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTAATTCGCCCCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCAGCTGGCCCGGGATACCGCCACCCAAGCCt > 1:1318978/1‑150 (MQ=255) cGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGa > 2:5220195/1‑110 (MQ=255) cGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGa < 1:295986/110‑1 (MQ=255) gCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CGCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTAATTCGCACCTGGATAACCGTTCGATGACCACCCGGCAGGCCCGGGCTACCGCCCCCGAAGCCGGt > 1:4050667/1‑150 (MQ=255) ttGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGTTc < 1:373673/150‑1 (MQ=255) | GGATTTCTACCAGAAGCTGTCGGCTGCCAATGGCGGCAAGCCGAAGTACAGCCACATCGAAGGTGTCGGCTCGGTTGAAGCCATCACCGCCAAGGTCCTGGCAGCCCTGAGCTGATCCGGCGCCTGACGCACCTCGACAACGGCCCGCTTGCGGGCCGTTGTCGTTTGTAGGCCGCACAGCGCCCC‑CTCAGGACACAACGCCGCTGCTGCTCTATACTGCCGCTCTTTTTCATTCGCACCTGGATACCCGTTCGATGACCACCCTGCTGGCCCTGGATACCGCCACCGAAGCCTGTTC > NC_002947/1717794‑1718091 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |