| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 1,843,098 | C→G | 6.1% | intergenic (+54/+50) | PP_1642 → / ← PP_1643 | hypothetical protein/membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,843,098 | 0 | C | G | 6.1% | 812.9 / 30.2 | 245 | intergenic (+54/+50) | PP_1642/PP_1643 | hypothetical protein/membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (136/94); new base G (8/7); total (144/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
TCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGC > NC_002947/1842951‑1843247 | tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCTGCTCCCACAGTAATcgcaccgcac > 2:156332/1‑150 (MQ=255)tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATcgcaccgcac > 1:5124603/1‑150 (MQ=255)tctGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGGGGTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAAGcgcaccgccc > 1:1369529/1‑148 (MQ=255) tGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACtt > 1:1233139/1‑150 (MQ=255) tGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTGGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAAACGCACCGCACtt > 2:3619786/1‑150 (MQ=255) tGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAg < 2:4529694/150‑1 (MQ=255) tGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGCCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAg < 1:2807372/150‑1 (MQ=255) gcagGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCt < 1:3475959/150‑1 (MQ=255) agGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCtgt < 2:466154/150‑1 (MQ=255) gCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGc < 1:2201033/150‑1 (MQ=255) cGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCa < 2:558478/150‑1 (MQ=255) cGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCa < 1:547482/150‑1 (MQ=255) cGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCa < 2:856850/150‑1 (MQ=255) gTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGCGCAg > 2:1749425/1‑150 (MQ=255) cAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTAc < 2:3116998/150‑1 (MQ=255) aaCCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTAcc > 2:6795892/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGGTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCAGTGCAGTAcc > 2:2427307/1‑150 (MQ=255) aCCAGTGGCATGCAGAGAGTGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCt > 1:3093769/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCCGTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACGTAAGGCCTGTGCAGTACCtg > 2:4263575/1‑150 (MQ=255) ccAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtg > 2:2880086/1‑150 (MQ=255) cAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCtgt > 1:3413716/1‑150 (MQ=255) gTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg < 1:2647780/150‑1 (MQ=255) gTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATACCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTgg < 2:841119/150‑1 (MQ=255) 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aGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCAc < 1:1877756/150‑1 (MQ=255) gTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCAcc < 1:3694214/150‑1 (MQ=255) tCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCa > 2:1155432/1‑150 (MQ=255) caccgcacTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACtt > 1:2441850/1‑150 (MQ=255) accgcacTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCACGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGAGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTc > 2:70794/1‑150 (MQ=255) ccgcacTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCa > 2:2364411/1‑150 (MQ=255) | TCTGGTGCAGCAGGCGTTCAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGCAGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGC > NC_002947/1842951‑1843247 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |