Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,843,118 | 0 | C | A | 5.1% | 881.7 / 20.7 | 260 | intergenic (+74/+30) | PP_1642/PP_1643 | hypothetical protein/membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (154/92); new base A (7/7); total (161/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.01e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
CAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGCCAGCCGAATACCGCCCGCGC > NC_002947/1842969‑1843267 | aaCCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGC‑AGTAcc > 1:1575378/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGC‑AGTAcc > 2:6795892/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCGTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCCCTGAAGGCCGGTGC‑CGTAcc > 1:258807/1‑150 (MQ=255) 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caccgcacTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACtt < 1:614753/150‑1 (MQ=255) caccgcacTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACtt > 1:2441850/1‑150 (MQ=255) accgcacTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTc > 1:2718019/1‑150 (MQ=255) accgcacTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCACGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGAGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTc > 2:70794/1‑150 (MQ=255) ccgcacTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCa > 2:2364411/1‑150 (MQ=255) cgcacTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCaa < 2:3631436/150‑1 (MQ=255) cgcacTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTAACCAGCACTTCaa > 1:3478805/1‑150 (MQ=255) ttAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAagccag > 2:4446229/1‑150 (MQ=255) ttAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAagccag > 1:554880/1‑150 (MQ=255) tAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGTGGGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAagccagc < 1:3619786/150‑1 (MQ=255) aaaagtcc‑AGTACCTGAGGGAGCGGGCGTGCACGCGAAAAATCTAACTGCCTTAGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCAGGAACTACCAGCGCACGAACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACATCAAGCCAGCCGaa > 2:5807335/8‑150 (MQ=255) gC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGCCAGCCGAATAccgc < 1:5850205/150‑1 (MQ=255) aGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGCCAGCCGAATAccgccc > 2:6685525/1‑150 (MQ=255) aGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGCCAGCCGAATAccgccc > 1:5444153/1‑150 (MQ=255) tACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGCCAGCCGAATAccgcccgc < 2:1139058/150‑1 (MQ=255) | CAACCAGTGGCATGCAGAGAGCGGGCGGCCGCTGTGCCAGTTGTCGGTGATGCTGGCGCACACCGTCAACCATTGAGCCTTGTGTTGCTCCCATTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGTAATCGCACCGCACTTAAGGCCTGTGC‑AGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAAATCTAACTGCCTTCGCCCGCCATGCGCCGCTCATGCTGGAACTTCCAGCGCACGTACAGTAGCCCGGCAATGAACAGCCCCAGGCTCACCAGCACTTCAAGCCAGCCGAATACCGCCCGCGC > NC_002947/1842969‑1843267 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |