Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,947,361 | T→C | 5.2% | intergenic (+47/‑158) | betX → / → yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,947,361 | 0 | T | C | 5.2% | 652.6 / 12.2 | 216 | intergenic (+47/‑158) | betX/yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/93); new base C (7/4); total (115/101) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 |
Only 100 of 225 total aligned reads displayed.
CGAGGTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACGGGTGCGGGTTTACCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGA > NC_002947/1947212‑1947510 | gAGGTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCACTCCTa < 1:4120805/150‑1 (MQ=255) ggTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACg < 2:6639530/150‑1 (MQ=255) gTGATGCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAA‑CCCGCTCCTACgg < 2:6429670/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |