Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,056,057 | T→A | 5.5% | intergenic (‑63/+23) | PP_1825 ← / ← PP_1826 | hypothetical protein/isochorismatase family hydrolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,056,057 | 0 | T | A | 5.5% | 1178.0 / 39.4 | 386 | intergenic (‑63/+23) | PP_1825/PP_1826 | hypothetical protein/isochorismatase family hydrolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (168/187); new base A (15/7); total (192/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.75e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.23e-01 |
Only 100 of 390 total aligned reads displayed.
CGACAGGCCGGCCGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGACGCG > NC_002947/2055908‑2056206 | gccggccgCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCggg > 1:6400773/1‑150 (MQ=255) gccggccgCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCggg < 1:2423733/150‑1 (MQ=255) ccggccgCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGGCGGGc > 1:5564958/1‑150 (MQ=255) ccggccgCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGc < 1:5379880/150‑1 (MQ=255) ccggccgCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGc < 2:5014669/150‑1 (MQ=255) ggccgCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCgg < 1:2595698/150‑1 (MQ=255) ccgccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCAGCCGGGCggaa < 2:6871816/150‑3 (MQ=255) gccAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCt > 2:130031/1‑150 (MQ=255) cAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGc < 2:3359565/150‑1 (MQ=255) ggcgggcgCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCaa < 2:2348685/150‑1 (MQ=255) gggcgCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGcc > 2:3553313/1‑150 (MQ=255) gcCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCCGCTGCCGGGCGGTCCGGCAAGccccgc > 1:5854347/1‑146 (MQ=255) ccccAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCa < 1:6582311/150‑1 (MQ=255) cccAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCCGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCac > 1:1850080/1‑149 (MQ=255) aGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATc < 2:2682105/150‑1 (MQ=255) ttACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAg < 1:2346750/150‑1 (MQ=255) tACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCCAGCCGCTCAGATCAgg > 1:4097728/1‑150 (MQ=255) aCGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGc > 2:4543289/1‑150 (MQ=255) gcgGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTg < 2:3988658/150‑1 (MQ=255) gcgGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTg > 2:1251040/1‑150 (MQ=255) ttCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCgg > 2:6134007/1‑150 (MQ=255) tCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGt < 2:6831789/150‑1 (MQ=255) tCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGt < 2:1580061/150‑1 (MQ=255) 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cAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGc < 1:2968762/150‑1 (MQ=255) ggCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCaa < 1:3672631/150‑1 (MQ=255) gcgcTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAg > 2:5964255/1‑150 (MQ=255) ttGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGaa < 1:6034439/150‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGaa < 2:83414/150‑1 (MQ=255) 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tttAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCCGCTGCCCGGCGGTCCTGCAAGCAGCACACATCAGGCTGGCGGGGGGGGGCACGCAAGCGAAGATGTAACCCATCACgg > 1:3287067/1‑150 (MQ=255) tAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCCTCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGcc < 1:1003019/150‑1 (MQ=255) gCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCGGCCGGGCGGGCCTGCAAGCCGCGCAGATCAGGCTGGCGGGGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCCTCACGGCCCtt > 1:6185251/1‑150 (MQ=255) ttCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTc < 1:2015531/150‑1 (MQ=255) tCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCg < 1:2733587/150‑1 (MQ=255) 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cGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGa > 1:1711987/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGAcgc < 1:3374449/150‑1 (MQ=255) | CGACAGGCCGGCCGCCAGGCGGGCGCCCCAGTTACGCGGTTCGCGCGGGCGCAGGCGCTTGGCGTCGAAACTGCCTTTAAGCTTCATTCCGCTCTCCTCGGTGGATATCCGGAATTCGACCTGCTGCTGCCCATCGGGTTCCGCCCGGCTGCCGGGCGGTCCTGCAAGCCGCTCAGATCAGGCTGGCGGTGGGGGCCACGCAAGCGAAGTTGTCAGCCATCACGGCCATTTCGCACTGGTGAATCTGCGCGGCCGGAATGACGCCGTCCTTGAATGCCAGGTCACGGGTGGCCGACGCG > NC_002947/2055908‑2056206 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |