| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 2,099,024 | C→T | 7.2% | intergenic (+68/+30) | tpm → / ← htpX | thiopurine S‑methyltransferase/protease HtpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,099,024 | 0 | C | T | 7.2% | 843.6 / 36.5 | 276 | intergenic (+68/+30) | tpm/htpX | thiopurine S‑methyltransferase/protease HtpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (142/114); new base T (8/12); total (150/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01 | |||||||||||
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
GATGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCAT > NC_002947/2098876‑2099173 | gATGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCg > 2:5299734/1‑150 (MQ=255) aTGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGa > 2:5154553/1‑150 (MQ=255) tgtgATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGaa > 2:3303053/1‑150 (MQ=255) 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cGTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTg > 1:5360437/1‑150 (MQ=255) gTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGa < 2:931959/150‑1 (MQ=255) gTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGa > 1:3640001/1‑150 (MQ=255) tAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGAt < 2:6410342/150‑1 (MQ=255) ccGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGa > 1:1179525/1‑150 (MQ=255) aaTAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGcc > 1:2172135/1‑150 (MQ=255) aa‑‑aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCAt < 1:6540785/150‑1 (MQ=255) aa‑‑aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCAt > 2:6749663/1‑150 (MQ=255) aa‑‑aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCAt > 1:1143235/1‑150 (MQ=255) aa‑‑aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCAt > 1:5148387/1‑150 (MQ=255) a‑‑aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATg < 2:6380734/150‑1 (MQ=255) a‑‑aaaGGGCGACCGAAGTCGCCCATTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATg < 1:6846411/150‑1 (MQ=255) aaaGGGCGACTTCGGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATg > 2:3725209/1‑68 (MQ=37) aaGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGgt < 2:6068714/150‑1 (MQ=255) gACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCgg > 2:3643115/1‑150 (MQ=255) gACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCgg > 1:4535725/1‑150 (MQ=255) ccGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCa > 2:1671426/1‑150 (MQ=255) | GATGTGATTGAGGACAGCCCGAAGTTTGTGCAGGCCGGGGCGTCGAGTTTGTTGGAGCGGGTGTATCAGGTCAGCCGATAAGCAGGTATGGCAGGCTGACCCGCTCCCACAGAAGGCTGCGTAAGGCCGGGAATAAAA‑‑AAAGGGCGACCGAAGTCGCCCTTTGTTTTTATCAGGTGGATCAGCCGCGCTGACGCAGGGCCTCGATGCGGTCTTCCAGCGGTGGGTGGCTCATCAGCAACCCGGCCAGGCCGTGCTTGAGGCCGCCATTGATGCCGAAGGCCTTCATGGTGTCCGGCAT > NC_002947/2098876‑2099173 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |