| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,104,942 | G→C | 6.9% | intergenic (‑61/‑144) | PP_1875 ← / → PP_1876 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator/AAA family ATP/GTP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,104,942 | 0 | G | C | 6.9% | 523.9 / 20.3 | 158 | intergenic (‑61/‑144) | PP_1875/PP_1876 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator/AAA family ATP/GTP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/89); new base C (4/7); total (62/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 167 total aligned reads displayed.
AACCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGC‑TGAACGCAAGCCCTGT‑GGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCC‑AAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGAC > NC_002947/2104793‑2105091 | aaCCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCggg < 1:1818549/150‑1 (MQ=255) aCCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCgggg > 1:3006915/1‑150 (MQ=255) aCCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCgggg < 1:1038680/150‑1 (MQ=255) 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gggggtgtgtgtTCTTTTCTGTTGATGGCCATGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTGAGCCCCAGGC‑TGAACGCACGCCCTGT‑GGGAGCGGGCACGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGcc < 2:5044854/145‑1 (MQ=38) gtTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCCTTACCCCACGTAAAGCATAGCCCCACGC‑TGAAAGCAACCCCGGG‑GGGAGCCGGCCACCCCCCCGAGGGGCGCGCACCCGCCCCC‑AAAAAAc > 2:4339759/1‑150 (MQ=255) gtTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCACCGCGGGCGGGCCCCCTGCCCCAAGTACACCGTAGCCCCACGC‑GGCACCCCACCCCAGG‑GGGGGCCGGCCCCCCCCCCGGGGGGCGCCCCGCGGCCCCC‑CCAAAAc > 2:3431704/1‑150 (MQ=255) ttCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTa < 1:4380788/70‑1 (MQ=255) cttttCTGTTGAGGGCCAGGGGGGGGCCGGTGGCCCCCCCGCGGGGGGGTGGCCGGTACCCCCCGGTCCCGCTTCCCCCCCGGC‑TGACCGAACGCCGTGT‑GGGAGGGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCC‑AAAAAACTga < 2:6544191/148‑1 (MQ=255) cttttCCGTTGAGCCCCACGGGGGGGCCGCTTGGCGCCCCCCCGCGGGCGGGCCCGTTCCCACAGGAACCGCTTCGCCCCAGGC‑TGAACGCAAGCCCTGT‑GGGAGCGGGCACGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCC‑AAAAAACTga < 2:5582282/148‑1 (MQ=255) 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cAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCGCCCCGGGCGGGGCCCGTCCCCCACGGAAACCAGATCCCCACGC‑GGGACCCCAACCCCGT‑GGGGGCGGGGCAGCCCCCGGACGGGGGCGCCGCCGCCCCC‑CAAAAACAGGCAGTGTTTGGGgtcgg > 2:3011044/1‑149 (MQ=255) gggggCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCGGTTCCCCCAGGTCCAGCTTAGCCCCAGGC‑TGAACGCAAGCCCTGTGGGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCAt < 2:6825800/150‑1 (MQ=38) | AACCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGC‑TGAACGCAAGCCCTGT‑GGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCC‑AAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGAC > NC_002947/2104793‑2105091 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |