Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,104,943 | G→C | 6.3% | intergenic (‑62/‑143) | PP_1875 ← / → PP_1876 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator/AAA family ATP/GTP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,104,943 | 0 | G | C | 6.3% | 527.1 / 19.7 | 158 | intergenic (‑62/‑143) | PP_1875/PP_1876 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator/AAA family ATP/GTP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (58/90); new base C (4/6); total (62/96) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.84e-01 |
Only 100 of 164 total aligned reads displayed.
ACCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGAC > NC_002947/2104794‑2105091 | aCCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCgggg < 1:1038680/150‑1 (MQ=255) aCCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCgggg > 1:3006915/1‑150 (MQ=255) ttgcttgTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCtt < 2:3441324/150‑1 (MQ=255) 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tgctgGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGGTTTCCCGGTGCCACACGTAAAGCTTATCCCCCCGCGGAACCCCAGCCCCGGGGGCGCGGGCCACCCCCCggcgcggcgccc > 2:5343163/1‑148 (MQ=255) tgctgGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCACCGCGGGCGTGCCCCGTGCCCCAGCGACACCCTAGCCCCAACCAGAACGCAACCCCCGGGGGGGCCGGGAAGCCCCCGGGGGGgcgccc > 1:1669217/1‑148 (MQ=255) gggggtgtgtgtTCTTTTCTGTTGATGGCCATGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTGAGCCCCAGGCTGAACGCACGCCCTGTGGGAGCGGGCACGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGcc < 2:5044854/145‑1 (MQ=38) gtTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGcgg < 1:1878297‑M2/111‑4 (MQ=255) ttCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTa > 2:4380788/1‑70 (MQ=255) cATTTCGGTGGAGCGCCACGGGGGGGCCGCGGGGCCCCCCCCCGCGGGGTTGCCCGTCCCCCCCGGCACCGCTGCGCCCCGGGCTGAAGGCACGCCCGGTGGGAGGGGGCACGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAACTga < 2:5582104/150‑1 (MQ=255) 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gggCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACCGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGTGCGGGCACGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGAc < 2:6829524/150‑1 (MQ=255) | ACCGGGCTTGCTTGTATGACAGGCGATTGGTGAACTTGATATCCATGAGTCCCGAGCCGGTTTCCCGTTCCTTGCGCTGCGCAAGCATAGCCGAATAGCCCCGGCTGCTGGTGGGTCTGTCTGTTCATTTCAGTTGATCGCCAAGCGGGGGCCGCTTGGCGCCCCTCCGCGGGCTTGCCCGTTCCCACAGGTACAGCTTAGCCCCAGGCTGAACGCAAGCCCTGTGGGAGCGGGCAAGCCCGCGGAGGGGCGCGCAGCGGCCCCCAAAAAACTGAGATTGTTAGGAGTCGTCATGGAC > NC_002947/2104794‑2105091 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |