Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,176,493 | T→C | 5.2% | intergenic (+36/+367) | PP_5484 → / ← PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,176,493 | 0 | T | C | 5.2% | 1006.7 / 27.2 | 329 | intergenic (+36/+367) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (140/165); new base C (7/10); total (154/175) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.05e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.09e-01 |
Only 100 of 337 total aligned reads displayed.
GCGATCTCCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCA > NC_002947/2176344‑2176642 | cgATCTCCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCtt < 2:2760285/150‑1 (MQ=255) ccGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCgg < 1:1230342/150‑1 (MQ=255) ccGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCgg < 2:5932958/150‑1 (MQ=255) gTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCCAAGAGCgggt < 2:4518308/150‑2 (MQ=255) tGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGTCATGGGTTGGCGAAGTTTCGACCCGCTCCAAGAGCgggtc < 2:5095982/150‑3 (MQ=255) gCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCCAAGAGCgggtcg < 1:4613305/150‑4 (MQ=255) cGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGAttt > 2:4001160/1‑150 (MQ=255) gaagaaTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGTTACTGATTGAAGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGATATTGGAGCGGGATTTa > 1:6769851/1‑150 (MQ=255) gaagaaTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCGTGGAGCGGGATTTa > 2:11815/1‑150 (MQ=255) aagaaTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCCAAGAGCgggtcgaaa < 2:152820/150‑7 (MQ=255) aagaaTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCCAAGAGCgggtcgaaa < 2:4666656/150‑7 (MQ=255) aaTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCa < 1:1138017/150‑1 (MQ=255) aTTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAg > 2:3213175/1‑150 (MQ=255) tactacTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTg < 2:2578893/150‑1 (MQ=255) tactacTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTg < 2:4944057/150‑1 (MQ=255) actactTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTgg < 2:6462386/150‑1 (MQ=255) tttGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTa < 1:5566002/150‑1 (MQ=255) tttGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTa > 2:2987255/1‑150 (MQ=255) 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gAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTa > 2:2817335/1‑150 (MQ=255) gAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTa < 1:2540238/150‑1 (MQ=255) gAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTa > 2:3477696/1‑150 (MQ=255) tttCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATccc > 1:1018956/1‑150 (MQ=255) atcccGCTCCAAGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACt > 2:6039155/3‑150 (MQ=255) 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ctctTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTa > 2:802469/1‑150 (MQ=255) | GCGATCTCCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCA > NC_002947/2176344‑2176642 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |