Predicted mutation | |||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,176,495 | 0 | G | A | 5.1% | 1039.3 / 24.8 | 329 | intergenic (+38/+365) | PP_5484/PP_1924 | hypothetical protein/phosphinothricin N‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (147/163); new base A (7/10); total (156/173) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 333 total aligned reads displayed.
GATCTCCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATC > NC_002947/2176346‑2176644 | ccGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCgg < 1:1230342/150‑1 (MQ=255) gTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGa < 2:4472482/150‑1 (MQ=255) tGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCCAAGAGCgggtc < 1:5152829/150‑3 (MQ=255) 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gAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTa < 1:2540238/150‑1 (MQ=255) tttCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATccc > 1:1018956/1‑150 (MQ=255) atcccGCTCCAAGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACt > 2:6039155/3‑150 (MQ=255) tcccGCTCCAAGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACtt > 2:5316859/2‑150 (MQ=255) aCCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACtt < 2:4119179/150‑1 (MQ=255) 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ctctTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTa > 2:802469/1‑150 (MQ=255) | GATCTCCCGTGCGAAGAATTACTACTTTGCTCGACAGCTTTCGGCTGCACCCGTGATTTGGGGTTCCGCCAGTTCACAATTCAGCTGCATTTTCCCTGAGCGCCGGTACTGATTGACGACATGGGTAGGCGAAGTTTCGACCCGCTCTTGGAGCGGGATTTATCCAGTGGGGGTAGGGCGGGGTAACGACGTGCCGGTTACGTGCTCTTTATGTCAGCAACACCCGGATTGAGCGTCGCCATGCAATAGCCGACAGCTCTCCCGCCGAGACAGCTGGCTATCCCCACTTGGCTACCATC > NC_002947/2176346‑2176644 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |