| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,189,213 | C→A | 5.6% | P93P (CCC→CCA) | PP_5490 → | site‑specific DNA recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,189,213 | 0 | C | A | 5.6% | 896.4 / 28.7 | 265 | P93P (CCC→CCA) | PP_5490 | site‑specific DNA recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (123/127); new base A (3/12); total (126/139) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.33e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
GAGTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCAGCGCAGAGGAAGGGCATAAAATTCGGTCCAAAGCCACG > NC_002947/2189064‑2189362 | agTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCt < 2:5958525/150‑1 (MQ=255) agTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCt < 1:4872200/150‑1 (MQ=255) gTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTg < 2:6202203/150‑1 (MQ=255) tgaGGCTGCCTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCAGGGCTCa < 2:530909/150‑1 (MQ=255) aGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCAGGGCTCaga < 2:3787258/150‑3 (MQ=255) aGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCAGGGCTCaga < 1:4569002/150‑3 (MQ=255) gctgctTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAacac > 1:1509539/1‑150 (MQ=255) tgctTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAAcacca > 2:6844702/1‑150 (MQ=255) ttGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTa < 1:5769686/150‑1 (MQ=255) catcTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGgct < 2:213797/150‑1 (MQ=255) tctcAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGgctgc < 1:5483240/150‑1 (MQ=255) tctcAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGgctgc < 2:569897/150‑1 (MQ=255) ggccaggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTc < 1:4564879/150‑1 (MQ=255) gccaggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCa > 2:4912810/1‑150 (MQ=255) ccaggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAg > 2:17070/1‑150 (MQ=255) aggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAgat < 1:3727175/150‑1 (MQ=255) ggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAgatg > 2:2470612/1‑150 (MQ=255) tgtggttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAAt < 1:5784087/150‑1 (MQ=255) tgtggttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAAt < 2:1091044/150‑1 (MQ=255) tggttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGa < 1:2774523/150‑1 (MQ=255) gttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACg > 2:5601290/1‑150 (MQ=255) gttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACg > 1:2586832/1‑150 (MQ=255) tggtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGatat > 1:195504/1‑150 (MQ=255) gtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATAttt > 2:4072538/1‑150 (MQ=255) gtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATAttt < 1:3818069/150‑1 (MQ=255) gtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATAttt < 2:1264704/150‑1 (MQ=255) gtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATAttt > 2:2555721/1‑150 (MQ=255) tgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTg < 2:6545256/150‑1 (MQ=255) tgtcgtcTTGATGGGCTCGCTCGGTCTACTATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGTATCGCTTGGGCGCTTGGTTGGAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACTGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCa < 1:5924229/149‑1 (MQ=255) aGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCa > 2:727409/1‑150 (MQ=255) aGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCa > 2:5233622/1‑150 (MQ=255) gtcgtcTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAg < 1:681910/150‑1 (MQ=255) gtcgtcTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAg < 1:2107297/150‑1 (MQ=255) gtcgtcTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAg < 2:2169630/150‑1 (MQ=255) tcgtcTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATCTTTGCAgg > 1:5557583/1‑150 (MQ=255) tcgtcTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAgg > 1:1006113/1‑150 (MQ=255) tcgtcTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAgg > 1:3375859/1‑150 (MQ=255) tcTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCAt < 1:6373510/150‑1 (MQ=255) cTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATc < 1:80004/150‑1 (MQ=255) ttGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCg > 1:4857518/1‑150 (MQ=255) ttGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCg > 1:74399/1‑150 (MQ=255) aTCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTa > 1:4304493/1‑150 (MQ=255) cGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGa < 2:4304493/150‑1 (MQ=255) 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gACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCACAGCCt > 1:127977/1‑150 (MQ=255) aaTTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGAt > 1:6271733/1‑150 (MQ=255) aaTTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGAt < 1:3745145/150‑1 (MQ=255) aaTTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGAt > 1:2716733/1‑150 (MQ=255) aTTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATc < 1:2570375/150‑1 (MQ=255) 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gcTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCgaga < 2:4993195/150‑1 (MQ=255) cTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGagag > 1:3104967/1‑150 (MQ=255) tGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAgg > 2:64412/1‑150 (MQ=255) tGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCCTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAgg > 2:64315/1‑150 (MQ=255) caTCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGAGAATGACGATATTGGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCa < 2:4426581/149‑1 (MQ=255) aaTCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCa > 1:5272950/1‑150 (MQ=255) aaTCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCa > 1:701442/1‑150 (MQ=255) aTCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCAg < 1:5886185/150‑1 (MQ=255) tCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCAgc < 2:3023672/150‑1 (MQ=255) gCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCAgcgc > 2:3032213/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |