| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,189,214 | T→G | 5.5% | W94G (TGG→GGG) | PP_5490 → | site‑specific DNA recombinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,189,214 | 0 | T | G | 5.5% | 922.4 / 28.5 | 269 | W94G (TGG→GGG) | PP_5490 | site‑specific DNA recombinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (128/125); new base G (3/12); total (132/137) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.09e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
AGTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGCAGGCATCGCTAGCTTCGAGCGCAGCCTGATCGTAGACCGGACGAGAGCGGGTCGAGAGGCAGCGCAGAGGAAGGGCATAAAATTCGGTCCAAAGCCACGG > NC_002947/2189065‑2189363 | agTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCt < 2:5958525/150‑1 (MQ=255)agTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCt < 1:4872200/150‑1 (MQ=255) gTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTg < 2:6202203/150‑1 (MQ=255) gTTGATGAGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTg < 2:1202832/150‑1 (MQ=255) tgaGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCAGGGCTCa < 2:530062/150‑1 (MQ=255) gaGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCAGGGCTCag < 1:5893751/150‑2 (MQ=255) aGGCTGCTTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCAGGGCTCaga < 2:4326274/150‑3 (MQ=255) gctgctTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAacac > 1:1509539/1‑150 (MQ=255) tgctTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAAcacca > 2:6844702/1‑150 (MQ=255) tgctTGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAAcacca < 1:3552215/150‑1 (MQ=255) ttGATCATCTCAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTa < 1:5769686/150‑1 (MQ=255) tctcAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGgctgc < 2:569897/150‑1 (MQ=255) tctcAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGgctgc < 1:5483240/150‑1 (MQ=255) tcAGGCCAGGCGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGctgctg < 1:725036/150‑1 (MQ=255) caggccaggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGACTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTgg > 2:3386208/1‑150 (MQ=255) aggccaggcGATGTGGGTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGt > 1:6339319/1‑150 (MQ=255) ggccaggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTc < 1:4564879/150‑1 (MQ=255) gccaggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTcg > 2:4005822/1‑149 (MQ=255) gccaggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCa > 2:4912815/1‑150 (MQ=255) aggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAgat < 1:3727175/150‑1 (MQ=255) ggcGATGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAgatg > 2:2470612/1‑150 (MQ=255) aTGTGGTTGTGGTGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATaa < 2:2997339/150‑1 (MQ=255) tgtggttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAAt < 1:5784087/150‑1 (MQ=255) tggttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGa < 1:2774523/150‑1 (MQ=255) tggttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGGTGCCGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATgc < 1:383044/150‑2 (MQ=255) gttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACg > 1:2586832/1‑150 (MQ=255) gttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACg > 2:5601290/1‑150 (MQ=255) gttgtggtGAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACg > 2:4530314/1‑150 (MQ=255) tggtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGatat > 1:195504/1‑150 (MQ=255) gtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATAttt < 2:1264704/150‑1 (MQ=255) gtgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATAttt > 2:2555721/1‑150 (MQ=255) tgAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTg < 2:6545256/150‑1 (MQ=255) gAGTCGTCTTGATCGGCTCGCACGGTCGACAATTGATTTGCTGTCTATTGCAGAGCAGCTGAATCGCTTGGGCGCTGGGTTGCAGTCTCTGTCTGAGCCCTGGCTCAACACCACTACGGCTGCTGGTCAGATGATAATGACGATATTTGc < 2:3131811/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |