| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 2,355,517 | T→C | 5.2% | L911P (CTG→CCG) | PP_2065 → | multidrug RND transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 2,355,517 | 0 | T | C | 5.2% | 933.5 / 23.6 | 288 | L911P (CTG→CCG) | PP_2065 | multidrug RND transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (162/110); new base C (9/6); total (172/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 294 total aligned reads displayed.
GCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGCGTGC > NC_002947/2355368‑2355666 | gCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCt < 2:1050289/150‑1 (MQ=255) gcggcgCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATc > 1:5256743/1‑150 (MQ=255) cgcAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCagca < 2:2522354/150‑1 (MQ=255) cAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCagcgtc < 2:294985/150‑4 (MQ=255) tACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCAc > 1:4003783/1‑150 (MQ=255) tACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCAc < 1:5928041/150‑1 (MQ=255) tACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCAc < 1:2262084/150‑1 (MQ=255) tACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCAc > 1:209468/1‑150 (MQ=255) 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ggTGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACggcggc < 2:4003961/150‑1 (MQ=255) tGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGa < 1:6323962/150‑1 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCGAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATg > 2:885512/3‑150 (MQ=255) ttgCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATg > 2:2878416/3‑150 (MQ=255) aCGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATg > 2:2000377/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc > 2:2994006/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc > 1:4143350/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc < 2:6036611/150‑1 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc > 1:1004166/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc > 1:2985746/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCAGTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc > 2:6506976/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCAATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc > 1:2771526/1‑150 (MQ=255) gCTGATCGGCCTGATCAGAAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGATATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGATGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATAAGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGTCGGCGATGAc > 1:1471458/1‑150 (MQ=255) gCTGATCAGGCCGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGAc > 1:331317/1‑150 (MQ=255) tGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGCTGACtg > 2:1738823/1‑149 (MQ=255) tGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACtt > 1:3880404/1‑150 (MQ=255) tCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg < 1:851062/150‑1 (MQ=255) tCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTg > 2:2432566/1‑150 (MQ=255) ggCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGc > 2:6343672/1‑150 (MQ=255) ccTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGCGt > 2:712997/1‑150 (MQ=255) ccTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGCGt > 1:5381655/1‑150 (MQ=255) | GCTGGCGGCGCAGTACGAAAGCCTGGTCGACCCCCTGATCATTCTGGTGACCGTGCCGCTGTCGATCTGCGGTGCGCTGCTGCCGCTGGCGCTGGGCTGGGCCACGCTGAACATCTACACACAGATTGGCCTGGTGACGCTGATCGGCCTGATCAGCAAGCACGGTATCCTGATGGTGGCGTTCGCCAACGAGATTCAGGTGCGCGACAACCTCGATCGTGCTGCCGCCATTGTTCGTGCGGCGCAAATACGCTTGCGGCCAGTGCTGATGACCACGGCGGCGATGACTTTTGGCGTGC > NC_002947/2355368‑2355666 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |