| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,421,546 | 0 | A | T | 6.5% | 1089.5 / 39.0 | 328 | intergenic (+87/+28) | pdxB/PP_2118 | erythronate‑4‑phosphate dehydrogenase/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (142/164); new base T (14/8); total (156/172) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
TTGCACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCG > NC_002947/2421397‑2421695 | cACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAgc < 1:5150082/150‑1 (MQ=255) ggggAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGcc > 2:6271543/1‑150 (MQ=255) ggggAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGcc > 1:836925/1‑150 (MQ=255) 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cAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCgatgat > 2:6713745/1‑150 (MQ=255) aaTAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATc < 2:6196696/150‑1 (MQ=255) tAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGa > 2:1023449/1‑150 (MQ=255) tAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGATCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGa > 1:2121682/1‑150 (MQ=255) tgcaaCCCGGCGCTTGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGaa > 2:1081025/4‑150 (MQ=255) gcaaCCCGGCGCTTGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAAc > 2:1651603/3‑150 (MQ=255) aaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGatcatc > 2:3420198/1‑104 (MQ=255) aaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGatcatc < 1:3420198/104‑1 (MQ=255) aaaaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGatc > 2:2919469/1‑101 (MQ=255) aaCCCGGCGCTTGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCg > 1:3537651/1‑150 (MQ=255) aaCCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCg > 2:6818546/1‑150 (MQ=255) ccGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCAt > 2:2618007/1‑150 (MQ=255) gcgcAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACt > 1:2362633/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCg > 1:4488792/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCg > 2:3200031/1‑150 (MQ=255) aaGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCg < 1:2216430/150‑1 (MQ=255) | TTGCACGGGGAGGCGCCGCAGTTGGCGCAGTTGGTCAGTGCCCTGGGTGGGGTGTTGGTCTAAGCACGCCTTGTCTTGACCTTGCAGGTAGGTGTGGTTACCTGTTGGGGCGGCCAAGCCCACTGGCTGGGCCAATAAAAACCCGGCGCAAGCGCCGGGTTGCAGAGAATTCGCCGATCAACCTTTGCGTACGCGCTCGACACGGCTTTCTTCCAGGGCCTTGCAGGCCTGCTGGATCATCTGCTCGGTGATCGGCACTTCGCGCCCCTTGGCGTCGATGATCGAACCGCATACTTGCG > NC_002947/2421397‑2421695 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |