| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 212,560 | T→A | 5.3% | V6022V (GTT→GTA) | PP_0168 → | putative surface adhesion protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 212,560 | 0 | T | A | 5.3% | 993.4 / 29.4 | 301 | V6022V (GTT→GTA) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (145/140); new base A (13/3); total (158/143) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.04e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 309 total aligned reads displayed.
ACCGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACCGACGAGCCAGGTACGCCGGGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACCGCCGACCAGACCTCGGTGGCCGAGAACGTCAAGCCGACCTTCACCGTGCACGTCAACCAGCCGCTGGCCCACGACCTGGTCGTGACCCTGA > NC_002947/212411‑212708 | cGTGGGTACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTAc < 2:5899973/150‑1 (MQ=34) tACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACcgacga < 1:1563184/150‑1 (MQ=34) tACTGCCACTGTCACTGCCCCGGATAACGTCTACGTCGGCAGCAACGACCCTGTCGTGATGTCGATCGCTACCGTTGGCGGTGCGGATGTCGGCAAGTTCGAGCAACTGACGCTGGACAAGACGCCGGTCAGCACGTCGGTTACcgacga > 2:1732636/1‑150 (MQ=34) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |