| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,430,856 | T→G | 11.1% | E33D (GAA→GAC) ‡ | PP_2126 ← | LuxR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,430,856 | 0 | T | G | 11.1% | 653.8 / 23.3 | 251 | E33D (GAA→GAC) ‡ | PP_2126 | LuxR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/121); new base G (32/2); total (128/123) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.88e-09 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
GACAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGAACA > NC_002947/2430707‑2431005 | aGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg < 1:1598158/150‑1 (MQ=255) aGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg < 1:1025942/150‑1 (MQ=255) aGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg < 1:4251564/150‑1 (MQ=255) aGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGCGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTCg > 1:1521447/1‑150 (MQ=255) aGGATCAGCACTTGGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg < 2:5725392/150‑1 (MQ=255) gATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGcc < 1:5660995/150‑1 (MQ=255) gATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGcc < 2:6653744/150‑1 (MQ=255) aTCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCg > 2:5497865/1‑150 (MQ=255) tCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGa < 1:1993099/150‑1 (MQ=255) tttGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTc > 2:5785485/1‑150 (MQ=255) tttGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCGTCGCCGACCAccgc > 1:1363199/1‑147 (MQ=255) gTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCg > 2:5105847/1‑150 (MQ=255) tACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCgg < 1:4006409/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCggg < 1:734162/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCCACCACCTCAAAGCCcggg > 1:1066368/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGa > 1:2119260/1‑150 (MQ=255) gCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg > 2:4803991/1‑127 (MQ=255) gCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCg < 1:4803991/127‑1 (MQ=255) gCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCCGGGATATc > 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GACAGGATCAGCACTTTGCAGGTACTGCCGCTGGCCCGCAGTTGGGTAAGGGCGTCCAGGCCGCTGGTCGAACGCATGGAGATGTCCAGCAAGATGATGTCGGGCGCCAGTGTGCGTACCTGGTCGAGTAGCTGGTTGCCGTCGTCGGCTTCGCCGACCACGTCATAGCCGGGGATATCGCAGACCAGTGCCCGCACCCCGGCGCGGATCAGCGAGTGGTCATCTACCAGCAGTAGTCTACAGGTCATGGTTGGTAATACTCCTGGCGCGTTGCTGGGTGCGCGGGGACCACGGGAACA > NC_002947/2430707‑2431005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |