Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,640,433 | T→C | 5.5% | intergenic (+31/+86) | PP_2304 → / ← PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,640,433 | 0 | T | C | 5.5% | 885.3 / 24.2 | 274 | intergenic (+31/+86) | PP_2304/PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (153/106); new base C (9/6); total (162/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.15e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CCGCCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATG > NC_002947/2640284‑2640582 | cgccACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTc < 2:755691/150‑1 (MQ=255) ccACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGt < 2:2690311/150‑1 (MQ=255) ccACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGt < 2:5249224/150‑1 (MQ=255) 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gaagaaACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAAtctc > 2:4831820/1‑150 (MQ=255) aacgaaACAGGCCGCACGAGGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAAtctc > 2:383187/4‑150 (MQ=255) cgaaACAGGCCGCACGAGGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAAtctctc > 1:6071984/2‑150 (MQ=255) gaaACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCg > 2:3323247/1‑150 (MQ=255) gaaACAGGCCGCACGAGGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCg > 2:4034258/1‑150 (MQ=255) 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ccgccTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAggg < 1:1589583/150‑1 (MQ=255) cTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGAt < 1:3323247/150‑1 (MQ=255) cTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGAt < 1:4509681/150‑1 (MQ=255) tCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCTGGGGCGaga < 2:6207021/150‑3 (MQ=255) tCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATg < 2:6087288/150‑1 (MQ=255) tCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATg < 2:6865288/150‑1 (MQ=255) tCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATg > 2:2091732/1‑150 (MQ=255) | CCGCCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATG > NC_002947/2640284‑2640582 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |