Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 2,640,435 | G→A | 5.3% | intergenic (+33/+84) | PP_2304 → / ← PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 2,640,435 | 0 | G | A | 5.3% | 897.9 / 24.5 | 281 | intergenic (+33/+84) | PP_2304/PP_2305 | peptidyl‑prolyl cis‑trans isomerase D/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (154/112); new base A (9/6); total (163/118) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
CCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATGA > NC_002947/2640287‑2640583 | ccACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGt < 2:2690311/150‑1 (MQ=255) ccACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGt < 2:5249224/150‑1 (MQ=255) gacgaAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGc > 1:5166389/1‑150 (MQ=255) 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agaAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTc < 2:5800931/150‑1 (MQ=255) gaAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCg > 1:4932772/1‑150 (MQ=255) gaAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCg > 2:3189506/1‑150 (MQ=255) agcagcAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGtt < 2:1040958/150‑1 (MQ=255) cagcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGtttt > 2:6323864/1‑150 (MQ=255) agcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTc < 1:5691699/150‑1 (MQ=255) gcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCg > 1:2725727/1‑150 (MQ=255) gcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCg < 1:1028397/150‑1 (MQ=255) gcagATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCg > 1:4177125/1‑150 (MQ=255) gATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCa > 2:4452654/1‑150 (MQ=255) 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cGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATGa < 2:5769417/150‑1 (MQ=255) | CCACCGACGAAGAGAAGCAGCAGATTCGCCGCTACCTCGCGTCACGTGCTGGCCAGCAGGACTTTGCCGCTTACCGCAAGCAGCTGGAAGCCAATGCAGACATCACCCGTTACTAAGGTGTTCGTTGCATGAAGAAACAGGCCGCCTCGTGCGGCCTGTTTCGTTTTCGCCAGCCGCGAGCACGGTCATTGTCGAAGGTCACAGTGCCTTCAGGGGTGGCGCTAACCAGGTGCTACCGCTTCACCCCTTCATAACTGTCCAGCGTATCGCGTGCAATCTCTCGCCCCAGGGCGATGA > NC_002947/2640287‑2640583 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |